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万見
- PDB-1jwo: Crystal Structure Analysis of the SH2 Domain of the Csk Homologou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jwo
タイトルCrystal Structure Analysis of the SH2 Domain of the Csk Homologous Kinase CHK
要素Csk Homologous Kinase
キーワードTRANSFERASE / ANTIPARALLEL BETA SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / Downregulation of ERBB2 signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphorylation / positive regulation of cell population proliferation / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CSK-like, SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily ...CSK-like, SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Megakaryocyte-associated tyrosine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Murthy, T.V.S. / Webster, G.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Recognition of the HER-2/neu Receptor by the SH2 Domain of the Csk Homologous Kinase
著者: Murthy, T.V.S. / Webster, G.D.
履歴
登録2001年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Csk Homologous Kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1981
ポリマ－11,1981
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.146, 58.696, 28.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Csk Homologous Kinase / CHK / MEGAKARYOCYTE-ASSOCIATED TYROSINE-PROTEIN KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE CTK / PROTEIN ...CHK / MEGAKARYOCYTE-ASSOCIATED TYROSINE-PROTEIN KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE CTK / PROTEIN KINASE HYL / HEMATOPOIETIC CONSENSUS TYROSINE-LACKING KINASE


分子量: 11197.981 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MATK / プラスミド: PGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42679, EC: 2.7.1.112
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: AMMONIUM SULFATE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.2 Å / Num. all: 3435 / Num. obs: 3237 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0.9 / Observed criterion σ(I): 0.9 / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 282 / % possible all: 80.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SHA

1sha


解像度: 2.5→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25679 140 4.3 %RANDOM
Rwork0.19124 ---
all0.19425 3080 --
obs0.19425 3080 94.87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å20.28 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数785 0 0 48 833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0461.69
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg4.252.845
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.3224.552
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0166.969
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 11 -
Rwork0.206 --
obs-207 80.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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