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- PDB-1jwn: Crystal Structure of Scapharca inaequivalvis HbI, I114F Mutant Li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jwn
タイトルCrystal Structure of Scapharca inaequivalvis HbI, I114F Mutant Ligated to Carbon Monoxide.
要素Globin I - Ark Shell
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Invertebrate Hemoglobin / Allostery / Cooperativity / Oxygen-binding Protein / Heme Protein / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Knapp, J.E. / Gibson, Q.H. / Cushing, L. / Royer Jr., W.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Restricting the ligand-linked heme movement in Scapharca dimeric hemoglobin reveals tight coupling between distal and proximal contributions to cooperativity.
著者: Knapp, J.E. / Gibson, Q.H. / Cushing, L. / Royer Jr., W.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Mutation of Residue Phe97 to Leu Disrupts the Central Allosteric Pathway in Scapharca Dimeric Hemoglobin.
著者: Pardanani, A. / Gibson, Q.H. / Colotti, G. / Royer Jr., W.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: High Resolution Crystallographic Analysis of Co-operative Dimeric Hemoglobin.
著者: Royer Jr., W.E.
履歴
登録2001年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Globin I - Ark Shell
B: Globin I - Ark Shell
C: Globin I - Ark Shell
D: Globin I - Ark Shell
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,57912
ポリマ－64,0014
非ポリマー2,5788
水2,684149
1
A: Globin I - Ark Shell
B: Globin I - Ark Shell
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2906
ポリマ－32,0012
非ポリマー1,2894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
2
C: Globin I - Ark Shell
D: Globin I - Ark Shell
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2906
ポリマ－32,0012
非ポリマー1,2894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.680, 44.140, 87.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Globin I - Ark Shell / Dimeric Hemoglobin / HBI


分子量: 16000.335 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
プラスミド: PCS-26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110LACIQ L8 / 参照: UniProt: P02213
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 2.1-2.3M Phosphate Buffer, pH 7.5, Microbatch, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: batch method / 詳細: Royer Jr., W.E., (1994) J.Mol.Biol., 235, 657.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118-20 mg/mlhemoglobin11
22.1-2.3 Mphosphate11

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12961
22961
放射光源
由来タイプID波長
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月13日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Yale MirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Yale MirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 34151 / Num. obs: 30305 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2658 / % possible all: 78.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 30296 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→29.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1065250.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3030 10 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.215 30216 --
obs0.211 30216 88.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.5346 Å2 / ksol: 0.329872 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å2-3.6 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 180 149 4805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.912.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 270 10.2 %
Rwork0.229 2366 -
obs--78.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 30296 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 3036 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.812
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.912.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.281 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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