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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jw4 | ||||||
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タイトル | Structure of ligand-free maltodextrin-binding protein | ||||||
![]() | maltodextrin-binding protein | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Duan, X. / Quiocho, F.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural evidence for a dominant role of nonpolar interactions in the binding of a transport/chemosensory receptor to its highly polar ligands. 著者: Duan, X. / Quiocho, F.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40753.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 20k, Mes, sodium azide, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→10 Å / Num. obs: 24467 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / % possible all: 57.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 冗長度: 1.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→50 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.01 |