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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jve | ||||||
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タイトル | NMR Structure of an AT-Rich DNA with the GAA-Hairpin Loop | ||||||
要素 | AT-Rich DNA with the GAA-Hairpin Loop | ||||||
キーワード | DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / DNA OLIGONUCLEOTIDE / STEM-AND-LOOP / AT-RICH / GAA HAIRPIN LOOP / PRIBNOW BOX | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / full matrix relaxation analysis of NOE, random error analysis of NOE, simulated annealing using torsion angle dynamics, simulated annealing using Metropolis Monte Carlo, restrained minimization | ||||||
データ登録者 | Ulyanov, N.B. / Bauer, W.R. / James, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2002 タイトル: High-resolution NMR structure of an AT-rich DNA sequence. 著者: Ulyanov, N.B. / Bauer, W.R. / James, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jve.cif.gz | 171.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jve.ent.gz | 141.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jve.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jve_validation.pdf.gz | 308.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jve_full_validation.pdf.gz | 344.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jve_validation.xml.gz | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jve_validation.cif.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/1jve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/1jve | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 8322.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Designed AT-rich sequence |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques. |
-試料調製
詳細 | 内容: 2mM DNA; phosphate buffer: 30 mM K+; 1mM EDTA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 30 mM K+ / pH: 8.0 / 圧: ambient / 温度: 283 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: full matrix relaxation analysis of NOE, random error analysis of NOE, simulated annealing using torsion angle dynamics, simulated annealing using Metropolis Monte Carlo, restrained minimization ソフトェア番号: 1 詳細: The NMR refinement was based on a total of 434 interproton distance restraints (16.1 per residue). The restraints include 353 MARDIGRAS-derived quantitative restraints for nonexchangeable ...詳細: The NMR refinement was based on a total of 434 interproton distance restraints (16.1 per residue). The restraints include 353 MARDIGRAS-derived quantitative restraints for nonexchangeable protons (with an average flat-well width of 1.51 angstroms), 63 qualitative restraints for exchangeable protons, and 18 H-bond restraints for Watson-Crick GC pairs. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: Lowest target function (a weighted sum of conformational energy and restraint energy). 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |