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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jv7 | ||||||
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タイトル | BACTERIORHODOPSIN O-LIKE INTERMEDIATE STATE OF THE D85S MUTANT AT 2.25 ANGSTROM RESOLUTION | ||||||
要素 | Bacteriorhodopsin | ||||||
キーワード | ION TRANSPORT / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA / 7-TRANSMEMBRANE / D85S MUTANT / O-LIKE STATE / PHOTOCYCLE INTERMEDIATE / CUBIC LIPID PHASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Halobacterium salinarum (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Rouhani, S. / Cartailler, J.-P. / Facciotti, M.T. / Walian, P. / Needleman, R. / Lanyi, J.K. / Glaeser, R.M. / Luecke, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of the D85S mutant of bacteriorhodopsin: model of an O-like photocycle intermediate. 著者: Rouhani, S. / Cartailler, J.P. / Facciotti, M.T. / Walian, P. / Needleman, R. / Lanyi, J.K. / Glaeser, R.M. / Luecke, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jv7.cif.gz | 61.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jv7.ent.gz | 42.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/1jv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/1jv7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26901.490 Da / 分子数: 1 / 変異: D85S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: Bop / プラスミド: pNov-r / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-LI1 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: cubic lipid phase / pH: 5.6 詳細: monoolein, octyl-beta-D-glucopyranoside, pH 5.6, cubic lipid phase, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1998年10月16日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 12730 / Num. obs: 11949 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.6 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.28 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 646 / % possible all: 94.7 | |||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 164767 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BRX 解像度: 2.25→12 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→12 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top | |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 12 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.213 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0082 |