PDB-1jux: 1.6A Resolution Crystal Structures of the DNA Octamers d(IUATATAC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jux

タイトル

1.6A Resolution Crystal Structures of the DNA Octamers d(IUATATAC) and d(ITITACAC):Binding of Two Distamycin Drugs Side-by-Side

要素

5'-D(*IP*TP*IP*TP*AP*CP*AP*C)-3'

キーワード

DNA / Octamer / Distamycin / Side-by-Side

機能・相同性

DISTAMYCIN A / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Deng, J. / Pan, B. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of d(ITITACAC) complexed with distamycin at 1.6 A resolution.
著者: Deng, J. / Pan, B. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	2001年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jux.cif.gz	14.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jux.ent.gz	8.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jux_validation.pdf.gz	600.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jux_full_validation.pdf.gz	601 KB	表示
XML形式データ	1jux_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	1jux_validation.cif.gz	3.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/1jux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/1jux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1juz PDB 未公開エントリ
類似構造データ	304d-1 5hi1-3 1i25-d 159d-1 216d-1 1kup-d 4jd8-d 1bqj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*IP*TP*IP*TP*AP*CP*AP*C)-3'

ヘテロ分子

2.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*IP*TP*IP*TP*AP*CP*AP*C)-3'

ヘテロ分子

A: 5'-D(*IP*TP*IP*TP*AP*CP*AP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.76 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.260, 25.050, 28.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 124.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

One strand in the assymetric unit. The duplex is generated by the 2 fold axis.

#1: DNA鎖	5'-D(IPTPIPTPAPCPAPC)-3' 分子量: 2396.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Octamer DNA
#2: 化合物	ChemComp-DMY / DISTAMYCIN A / DISTAMYCIN / STALLIMYCIN / ジスタマイシンA 分子量: 481.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₉O₄ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.09 %

結晶化

*PLUS

pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1 mM	DNA	1	drop	single-stranded concentration
2	30 mM	sodium cacodylate	1	drop	pH7.0
3	0.1 mM	cobalt hexammine chloride	1	drop
4	1 mM	distamycin hydrochloride	1	drop
5	60 %	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月20日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→10 Å / Num. all: 2609 / Num. obs: 2468 / Observed criterion σ(F): 2
反射	PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 2737 / % possible obs: 92 % / R_merge(I) obs*: 0.046
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.7 Å / % possible obs: 88.8 % / Num. unique obs: 381 / R_merge(I) obs*: 0.162

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
AMoRE	位相決定
CNS	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.179	234	-	random
R_work	0.149	-	-	-
all	-	2609	-	-
obs	-	2468	94.6 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	159	35	36	230

精密化

*PLUS

最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 2520 / R_factor R_free: 0.207 / R_factor R_work: 0.17

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	angle_d
X-RAY DIFFRACTION	angle_deg	1.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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