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万見
- PDB-1juo: Crystal Structure of Calcium-free Human Sorcin: A Member of the P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1juo
タイトルCrystal Structure of Calcium-free Human Sorcin: A Member of the Penta-EF-Hand Protein Family
要素sorcin
キーワードMETAL TRANSPORT / calcium-binding proteins / penta-ef-hand / PEF
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of relaxation of muscle / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling / regulation of striated muscle contraction / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac muscle cell contraction / Sodium/Calcium exchangers / Reduction of cytosolic Ca++ levels / muscle organ development / regulation of heart contraction ...regulation of relaxation of muscle / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling / regulation of striated muscle contraction / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac muscle cell contraction / Sodium/Calcium exchangers / Reduction of cytosolic Ca++ levels / muscle organ development / regulation of heart contraction / action potential / negative regulation of heart rate / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of calcium ion transport / Ion transport by P-type ATPases / calcium channel regulator activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Ion homeostasis / T-tubule / sarcoplasmic reticulum membrane / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum / Stimuli-sensing channels / Z disc / calcium ion transport / heart development / DNA-binding transcription factor binding / protease binding / transmembrane transporter binding / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF-hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xie, X.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of calcium-free human sorcin: a member of the penta-EF-hand protein family.
著者: Xie, X. / Dwyer, M.D. / Swenson, L. / Parker, M.H. / Botfield, M.C.
履歴
登録2001年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sorcin
B: sorcin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3912
ポリマ－43,3912
非ポリマー00
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.250, 118.250, 85.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 sorcin


分子量: 21695.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30626
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium chloride, HEPES, EGTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 64 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.004 mMsorcin1drop
20.010 mMfluo-4 pentapossium salt1drop
36.4 mMurea1dropor 7.8M
40.5 M1reservoirNaCl
50.1 HEPES1reservoirpH7.0
62.5 mMEGTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Confocal Multilayer (Rigaku/MSC) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 167295 / Num. obs: 28472 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): -1 / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1929 / % possible all: 75.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 167295

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2000精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNX2000位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→37.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 368354.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED. BULK SOLVENT MODEL USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2760 9.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.221 27925 --
obs0.221 27925 89.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 41.8194 Å2 / ksol: 0.294676 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.73 Å20 Å20 Å2
2---8.73 Å20 Å2
3---17.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2667 0 0 290 2957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 392 10.3 %
Rwork0.347 3396 -
obs--73.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNX2000 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.256
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 47.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.199
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.363 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor Rwork: 0.347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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