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万見
- PDB-1jud: L-2-HALOACID DEHALOGENASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jud
タイトルL-2-HALOACID DEHALOGENASE
要素L-2-HALOACID DEHALOGENASE
キーワードDEHALOGENASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold ...L-2-Haloacid dehalogenase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(S)-2-haloacid dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hisano, T. / Hata, Y. / Fujii, T. / Liu, J.-Q. / Kurihara, T. / Esaki, N. / Soda, K.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of L-2-haloacid dehalogenase from Pseudomonas sp. YL. An alpha/beta hydrolase structure that is different from the alpha/beta hydrolase fold.
著者: Hisano, T. / Hata, Y. / Fujii, T. / Liu, J.Q. / Kurihara, T. / Esaki, N. / Soda, K.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization of L-2-Haloacid Dehalogenase from Pseudomonas Sp. Yl
著者: Hisano, T. / Hata, Y. / Fujii, T. / Kurihara, T. / Esaki, N. / Soda, K.
履歴
登録1996年6月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-2-HALOACID DEHALOGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2081
ポリマ－26,2081
非ポリマー00
水1,11762
1
A: L-2-HALOACID DEHALOGENASE

A: L-2-HALOACID DEHALOGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4152
ポリマ－52,4152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.210, 62.780, 50.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 L-2-HALOACID DEHALOGENASE


分子量: 26207.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: YL / 遺伝子: L-DEX YL / プラスミド: PKK223-3 / 遺伝子 (発現宿主): L-DEX YL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53464, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlenzyme solution1drop
250 mMpotassium dihydrogenphosphate1reservoir
315 %(w/v)PEG80001reservoir
41 %(v/v)n-propanol alcohol1reservoir

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月7日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43 Å / Num. obs: 8124 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.0397
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 31020

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1精密化
R-AXISIICデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.193 --
obs0.193 7849 94.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.14 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1757 0 0 62 1819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.318
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.33
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.075
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.143 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.33
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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