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- PDB-1jtk: Crystal structure of cytidine deaminase from Bacillus subtilis in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jtk
タイトルCrystal structure of cytidine deaminase from Bacillus subtilis in complex with the inhibitor tetrahydrodeoxyuridine
要素cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / cytidine deaminase / CDA / pyrimidine salvage pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


cytidine deaminase / cytidine deamination / : / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like ...Cytidine deaminase, homotetrameric / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAHYDRODEOXYURIDINE / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Johansson, E. / Mejlhede, N. / Neuhard, J. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the tetrameric cytidine deaminase from Bacillus subtilis at 2.0 A resolution.
著者: Johansson, E. / Mejlhede, N. / Neuhard, J. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1999
タイトル: Ribosomal -1 frameshifting during decoding of Bacillus subtilis cdd occurs at the sequence CGA AAG
著者: Mejlhede, N. / Atkins, J.F. / Neuhard, J.
履歴
登録2001年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cytidine deaminase
B: cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3296
ポリマ－29,7382
非ポリマー5914
水3,297183
1
A: cytidine deaminase
B: cytidine deaminase
ヘテロ分子

A: cytidine deaminase
B: cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,65912
ポリマ－59,4764
非ポリマー1,1838
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area11730 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.086, 66.142, 55.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The tetrameric cytidine deaminase is constructed from the two chains A and B and the two chains generated by the two-fold axis: -x+1,y,-z+2

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要素

#1: タンパク質 cytidine deaminase


分子量: 14869.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: cdd / プラスミド: pSO143 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF611 / 参照: UniProt: P19079, cytidine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-THU / TETRAHYDRODEOXYURIDINE


分子量: 230.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 26% 2-methyl-2,4-pentanediol, 10mM calcium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 7.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
14.5 mg/mlprotein1drop
25 mMTHU1drop
320 mMTris-HCl1droppH7.6
426 %MPD1reservoir
510 mM1reservoirCaCl2
60.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 15867 / Num. obs: 15599 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 8.6 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Rsym value: 0.195 / % possible all: 78.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 15867 / Num. measured all: 214942 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.7 % / Rmerge(I) obs: 0.195

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
CNS0.9精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CTT

1ctt


解像度: 2.04→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1515341.58 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 777 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all-15599 --
obs-15599 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.12 Å2 / ksol: 0.360233 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å21.53 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---2.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 34 183 2193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 122 5.1 %
Rwork0.211 2272 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3THU_PAR.TXTTHU_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.207
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.04 Å / 最低解像度: 2.13 Å / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.211 / Rfactor all: 0.213 / Rfactor obs: 0.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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