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- PDB-1jt1: FEZ-1 metallo-beta-lactamase from Legionella gormanii modelled wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jt1
タイトルFEZ-1 metallo-beta-lactamase from Legionella gormanii modelled with D-captopril
要素FEZ-1, class B3 metallo-beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / monomer with alpha-beta/beta-alpha fold
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MCO / FEZ-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Fluoribacter gormanii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Kahn, R. / Papamicael, C. / Frere, J.M. / Galleni, M. / Dideberg, O.
引用ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003
タイトル: Three-dimensional Structure of FEZ-1, a Monomeric Subclass B3 Metallo-[beta]-lactamase from Fluoribacter gormanii, in Native Form and in Complex with -Captopril
著者: Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Papamicael, C. / Kahn, R. / Frere, J.M. / Galleni, M. / Rossolini, G.M. / Dideberg, O.
履歴
登録2001年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32013年5月8日Group: Advisory
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FEZ-1, class B3 metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,17610
ポリマ－29,3161
非ポリマー8609
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.120, 76.775, 44.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FEZ-1, class B3 metallo-beta-lactamase


分子量: 29316.463 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 20-282 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fluoribacter gormanii (バクテリア)
遺伝子: blaFEZ-1 / プラスミド: pDML1810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(pLysS) / 参照: UniProt: Q9K578, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 264分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MCO / 1-(3-MERCAPTO-2-METHYL-PROPIONYL)-PYRROLIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / D-カプトプリル


分子量: 217.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15NO3S
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 18% PEG MME5000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M HEPES 7.0, 0.010MM Zn chloride, 0.0108MM D-CAPTOPRIL, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110.5 mg/mlprotein1drop
215 mMsodium cacodylate1droppH6.0
318 %PEG5000 MME1reservoir
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MHEPES1reservoirpH7.0
60.1 mM1reservoirZnCl2
736 mMD-captopril1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極ENRAF-NONIUS FR59111.5418
シンクロトロンESRF BM30A21.28276
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1IMAGE PLATE2001年4月2日mirrors
2CCD2001年4月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.282761
反射解像度: 1.78→42.258 Å / Num. all: 49235 / Num. obs: 45143 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 2221 / Rsym value: 0.076 / % possible all: 61
反射
*PLUS
Num. obs: 46214 / Num. measured all: 74560 / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61 % / Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SML

1sml


解像度: 1.78→38.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1880532.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: refinement target: maximum likelihood, using amplitudes from single wavelength experiment and phase probability distribution from SAD experiment
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 4472 9.91 %random
Rwork0.161 ---
all-24162 --
obs-23107 91.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å20.28 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----2.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→38.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 43 255 2354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.872.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.78-1.890.2152480.1840.014231261.9
2.09-2.110.1782940.1626869
2.55-2.60.2181960.1719867
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4sulfcaprr.paramsulfcaprr.top
X-RAY DIFFRACTION5glyc.paramglyc.top
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 45143 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.191 / Rfactor Rwork: 0.1678
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.26
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / 最低解像度: 1.89 Å / Rfactor Rfree: 0.222 / Num. reflection Rfree: 248 / Rfactor Rwork: 0.18 / Num. reflection Rwork: 9.7 / Num. reflection obs: 2310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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