[日本語] English
万見
- PDB-1jsu: P27(KIP1)/CYCLIN A/CDK2 COMPLEX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jsu
タイトルP27(KIP1)/CYCLIN A/CDK2 COMPLEX
要素
  • CYCLIN A
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE-2
  • P27
キーワードCOMPLEX (TRANSFERASE/CYCLIN/INHIBITOR) / COMPLEX (TRANSFERASE-CYCLIN-INHIBITOR) / KINASE / CELL CYCLE / CELL DIVISION / CDK / CYCLIN / INHIBITOR / COMPLEX (TRANSFERASE-CYCLIN-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / : ...cyclin-dependent protein kinase regulator activity / regulation of lens fiber cell differentiation / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / negative regulation of cardiac muscle tissue regeneration / negative regulation of kinase activity / autophagic cell death / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / negative regulation of phosphorylation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / : / cyclin A2-CDK1 complex / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of cell cycle G1/S phase transition / cellular response to luteinizing hormone stimulus / cell cycle G1/S phase transition / regulation of exit from mitosis / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / ubiquitin ligase activator activity / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to leptin stimulus / RHO GTPases activate CIT / male pronucleus / female pronucleus / nuclear export / response to glucagon / cellular response to cocaine / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to antibiotic / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cellular response to lithium ion / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cochlea development / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / protein kinase inhibitor activity / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / : / inner ear development / centriole replication / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / regulation of DNA replication / centrosome duplication / negative regulation of mitotic cell cycle / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / response to amino acid / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / animal organ regeneration / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / response to glucose / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / response to cadmium ion / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / Notch signaling pathway / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of microtubule polymerization / FLT3 Signaling / Hsp70 protein binding / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / male germ cell nucleus / regulation of cell migration / positive regulation of DNA replication
類似検索 - 分子機能
p27 / p27 / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : ...p27 / p27 / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain / Cyclin-dependent kinase inhibitor domain superfamily / Cyclin-dependent kinase inhibitor / Cyclin-A, N-terminal APC/C binding region / Cyclin-A N-terminal APC/C binding region / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Few Secondary Structures / Irregular / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-A2 / Cyclin-dependent kinase 2 / Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Russo, A.A. / Jeffrey, P.D. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the p27Kip1 cyclin-dependent-kinase inhibitor bound to the cyclin A-Cdk2 complex.
著者: Russo, A.A. / Jeffrey, P.D. / Patten, A.K. / Massague, J. / Pavletich, N.P.
履歴
登録1996年7月3日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-2
B: CYCLIN A
C: P27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9904
ポリマ－73,8943
非ポリマー961
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.800, 78.300, 137.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE-2 / CDK2


分子量: 34056.469 Da / 分子数: 1 / 変異: PHOSPHORYLATED AT THR A 160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: CYCLIN A-BOUND FORM PHOSPHORYLATED ON THR 160 IN VITRO USING A CDK-ACTIVATING KINASE CONSISTING OF THE CYCLINH-CDK7 COMPLEX;
細胞株: SF9 / プラスミド: PET3A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24941, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 CYCLIN A


分子量: 29867.512 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 173 - 432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: THE FRAGMENT USED IN THE CRYSTALLIZATION WAS PRODUCED BY THE CLEAVAGE OF FULL-LENGTH CYCLIN A BY SUBTILISIN;
細胞株: SF9 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248
#3: タンパク質 P27 / KIP1 / CIP2


分子量: 9970.153 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 22 - 106 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SF9 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46527
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
240 mMHEPES1drop
3200 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
535 %satammonium sulfate1reservoir
640 mMHEPES1reservoir
75 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 162339 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 34683 / Num. measured all: 162339

-
解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
HKLデータ削減
精密化解像度: 2.3→7 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 --
Rwork0.192 --
obs-31351 96.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4980 0 5 197 5182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る