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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1js5 | ||||||
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タイトル | Solution Structure of dAAUAA DNA Bulge | ||||||
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![]() | DNA / DNA bulge / five-nucleotide bulge loop / deoxyribonucleic acid | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / matrix relaxation, torsion angle dynamics, energy minimization | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
![]() | Gollmick, F.A. / Lorenz, M. / Dornberger, U. / von Langen, J. / Diekmann, S. / Fritzsche, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structure of dAATAA and dAAUAA DNA bulges. 著者: Gollmick, F.A. / Lorenz, M. / Dornberger, U. / von Langen, J. / Diekmann, S. / Fritzsche, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 243 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 242.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5206.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験の詳細 | Text: THE FINAL AVERAGE STRUCTURE WAS OBTAINED BY COORDINATE AVERAGING OF THE FINAL ENSEMBLE OF STRUCTURES, FOLLOWED BY RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION. This structure was determined using standard 2D ...Text: THE FINAL AVERAGE STRUCTURE WAS OBTAINED BY COORDINATE AVERAGING OF THE FINAL ENSEMBLE OF STRUCTURES, FOLLOWED BY RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION. This structure was determined using standard 2D homonuclear and heteronuclear techniques. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: matrix relaxation, torsion angle dynamics, energy minimization ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on a total of 932 restraints, 671 are NOE-derived distance constraints, 235 dihedral angle restraints,26 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |