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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1js3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dopa decarboxylase in complex with the inhibitor carbidopa | ||||||
![]() | DOPA decarboxylase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-dopa decarboxylase activity / 5-hydroxy-L-tryptophan decarboxylase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Burkhard, P. / Dominici, P. / Borri-Voltattorni, C. / Jansonius, J.N. / Malashkevich, V.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into Parkinson's disease treatment from drug-inhibited DOPA decarboxylase. 著者: Burkhard, P. / Dominici, P. / Borri-Voltattorni, C. / Jansonius, J.N. / Malashkevich, V.N. #1: ![]() タイトル: Preliminary X-ray analysis of a new crystal form of pig kidney DOPA decarboxylase 著者: Malashkevich, V.N. / Burkhard, P. / Dominici, P. / Moore, P.S. / Borri-Voltattorni, C. / Jansonius, J.N. #2: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of pig kidney DOPA decarboxylase 著者: Malashkevich, V.N. / Filipponi, P. / Sauder, U. / Dominici, P. / Jansonius, J.N. / Borri-Voltattorni, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 200.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 160.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains one dimer which is the biologically active oligomer |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 54002.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P80041, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG MME 5000, MES, ammonium sulfate at pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, temperature 298.0K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.25→19.61 Å / Num. all: 53582 / Num. obs: 53582 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.3 Å / % possible obs: 70.7 % / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 70.7 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.056 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.5 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 23.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.215 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.18 |