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万見
- PDB-1jro: Crystal Structure of Xanthine Dehydrogenase from Rhodobacter caps... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jro
タイトルCrystal Structure of Xanthine Dehydrogenase from Rhodobacter capsulatus
要素(xanthine dehydrogenase, chain ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Partial Beta-Barrel / xdh / xo
機能・相同性
機能・相同性情報


1.1.1.204 / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Xanthine dehydrogenase, small subunit, bacteria / Xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding subunit / Xanthine dehydrogenase, small subunit / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal ...Xanthine dehydrogenase, small subunit, bacteria / Xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding subunit / Xanthine dehydrogenase, small subunit / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Enolase-like; domain 1 / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION / Chem-MTE / : / : / Xanthine dehydrogenase / Xanthine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Truglio, J.J. / Theis, K. / Leimkuhler, S. / Rappa, R. / Rajagopalan, K.V. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of the active and alloxanthine-inhibited forms of xanthine dehydrogenase from Rhodobacter capsulatus
著者: Truglio, J.J. / Theis, K. / Leimkuhler, S. / Rappa, R. / Rajagopalan, K.V. / Kisker, C.
履歴
登録2001年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年4月22日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: xanthine dehydrogenase, chain A
B: xanthine dehydrogenase, chain B
C: xanthine dehydrogenase, chain A
D: xanthine dehydrogenase, chain B
E: xanthine dehydrogenase, chain A
F: xanthine dehydrogenase, chain B
G: xanthine dehydrogenase, chain A
H: xanthine dehydrogenase, chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)536,23632
ポリマ－529,3028
非ポリマー6,93524
水2,216123
1
A: xanthine dehydrogenase, chain A
B: xanthine dehydrogenase, chain B
C: xanthine dehydrogenase, chain A
D: xanthine dehydrogenase, chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,11816
ポリマ－264,6514
非ポリマー3,46712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24380 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area76990 Å2
手法PISA
2
E: xanthine dehydrogenase, chain A
F: xanthine dehydrogenase, chain B
G: xanthine dehydrogenase, chain A
H: xanthine dehydrogenase, chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,11816
ポリマ－264,6514
非ポリマー3,46712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24420 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area76840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.875, 141.053, 158.113
Angle α, β, γ (deg.)109.53, 105.83, 101.33
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

-
要素

-
Xanthine dehydrogenase, chain ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
xanthine dehydrogenase, chain A / E.C.1.1.1.204 / XD


分子量: 49347.453 Da / 分子数: 4 / 断片: chain A, residues 1-462 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EMBL: 2956674, UniProt: O54050*PLUS, 1.1.1.204
#2: タンパク質
xanthine dehydrogenase, chain B / E.C.1.1.1.204 / XD


分子量: 82978.031 Da / 分子数: 4 / 断片: chain B, residues 1-777 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EMBL: 13397863, UniProt: O54051*PLUS, 1.1.1.204

-
非ポリマー , 6種, 147分子

#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#7: 化合物
ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 161.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO2S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG, Tris, DTT, isopropanol at pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
28 %PEG80001reservoir
37.5 mM1reservoirBaCl2
425 mMdithiothreitol1reservoir
53 %isopropanol1reservoir
60.1 MTris1reservoirpH8.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X26C11.1
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2001年2月14日
CUSTOM-MADE2CCD2001年3月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 187987 / Num. obs: 187987 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -1000 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible obs: 98 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.73
反射
*PLUS
Num. measured all: 722868 / Rmerge(I) obs: 0.161
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.73

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FO4

1fo4


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 11.3 / SU ML: 0.2 / SU Rfree: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.6
詳細: FOUR-FOLD NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED ON CHAINS A, B, C, D AND E, F, G, H
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25154 9424 5 %RANDOM
Rwork0.21311 ---
all0.215 178563 --
obs0.21505 178563 99.18 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MAS
原子変位パラメータBiso mean: 39.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20.3 Å20.37 Å2
2---1.57 Å2-0.91 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36348 0 360 123 36831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.02137259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3461.950687
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.25652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0228808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.53190
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.53190
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2910.317820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.523984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03238100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.409313275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5764.512571
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.377 688
Rwork0.286 13129
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 39.67 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.365
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.377 / Rfactor Rwork: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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