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万見
- PDB-1jrn: Orthorhombic form of Oxytricha telomeric DNA at 2.0A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jrn
タイトルOrthorhombic form of Oxytricha telomeric DNA at 2.0A
要素5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
キーワードDNA / oxytricha / G-quartets
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Haider, S.M. / Parkinson, G. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the potassium form of an Oxytricha nova G-quadruplex.
著者: Haider, S. / Parkinson, G.N. / Neidle, S.
履歴
登録2001年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,61314
ポリマ－15,2224
非ポリマー39110
水3,819212
1
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8067
ポリマ－7,6112
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8067
ポリマ－7,6112
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.508, 47.438, 96.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3805.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS IS THE OXYTRICHA NOVA TELOMERIC SEQUENCE
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, Potassium Chloride, Magnesium Chloride, Spermine, Cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2KCL11
3MGCL211
4Spermine11
5Cacodylate11
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110.0 mM1dropMgCl2
240.0 mM1dropKCl
34.10 mMspermine1drop
41.0 mMDNA1drop
55.0 %(v/v)MPD1drop
635 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 8736 / Num. obs: 8565 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 5.84 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
最低解像度: 8 Å / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.08 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.19

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→8 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2759 856 every 10th reflection
Rwork0.2183 --
all0.2753 8736 -
obs0.2624 8565 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1012 10 212 1234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.003
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Rfactor all: 0.2753 / Rfactor obs: 0.262 / Rfactor Rfree: 0.282 / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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