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- PDB-1jr7: CRYSTAL STRUCTURE OF GAB REVEALS OXIDOREDUCTASE FOLD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jr7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GAB REVEALS OXIDOREDUCTASE FOLD
要素HYPOTHETICAL 37.4 KDA PROTEIN IN ILEY-GABD INTERGENIC REGION
キーワードOXIDOREDUCTASE / LYASE / GAMMA AMINO-BUTYRIC ACID METABOLISM / GABA / FERROUS OXYGENASE / 2-OXOGLUTARATE / ANTIBIOTICS BIOSYNTHESIS / OXYGENASE / B-LACTAM / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


response to carbon starvation / glutarate dioxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, with 2-oxoglutarate as one donor, and the other dehydrogenated / glutarate dioxygenase activity / L-lysine catabolic process / ferrous iron binding / iron ion binding / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glutarate 2-hydroxylase GlaH / CsiD / : / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glutarate 2-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Structural genomics: a pipeline for providing structures for the biologist.
著者: Chance, M.R. / Bresnick, A.R. / Burley, S.K. / Jiang, J.S. / Lima, C.D. / Sali, A. / Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Buglino, J.A. / Boulton, S. / Chen, H. / Eswar, N. / He, G. / Huang, R. / ...著者: Chance, M.R. / Bresnick, A.R. / Burley, S.K. / Jiang, J.S. / Lima, C.D. / Sali, A. / Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Buglino, J.A. / Boulton, S. / Chen, H. / Eswar, N. / He, G. / Huang, R. / Ilyin, V. / McMahan, L. / Pieper, U. / Ray, S. / Vidal, M. / Wang, L.K.
履歴
登録2001年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2001年8月22日ID: 1JFY
改定 1.02001年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年2月8日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL 37.4 KDA PROTEIN IN ILEY-GABD INTERGENIC REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0312
ポリマ－35,9751
非ポリマー561
水5,765320
1
A: HYPOTHETICAL 37.4 KDA PROTEIN IN ILEY-GABD INTERGENIC REGION
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL 37.4 KDA PROTEIN IN ILEY-GABD INTERGENIC REGION
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL 37.4 KDA PROTEIN IN ILEY-GABD INTERGENIC REGION
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL 37.4 KDA PROTEIN IN ILEY-GABD INTERGENIC REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,1228
ポリマ－143,8994
非ポリマー2234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area54680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.479, 120.479, 136.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL 37.4 KDA PROTEIN IN ILEY-GABD INTERGENIC REGION / GABT PROTEIN


分子量: 35974.762 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL TRUNCATION NDELTA14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GAB; YGAT / プラスミド: PET28B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P76621
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.28 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
溶液の組成
*PLUS
ID一般名Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate1reservoir
2sodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9878
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月1日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9878 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 33216 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / % possible all: 94
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Num. measured all: 442770 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1677 5.3 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs-31483 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2490 0 1 320 2811
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.193 / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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