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- PDB-1jqq: Crystal structure of Pex13p(301-386) SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jqq
タイトルCrystal structure of Pex13p(301-386) SH3 domain
要素PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
キーワードPROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / compact beta-barrel of five anti-parrallel beta-strands
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / Peroxisomal protein import / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / transmembrane transporter complex / peroxisomal membrane / protein transmembrane transporter activity / protein-macromolecule adaptor activity
類似検索 - 分子機能
Peroxin 13, N-terminal / Peroxin 13 / Peroxin 13, N-terminal region / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain ...Peroxin 13, N-terminal / Peroxin 13 / Peroxin 13, N-terminal region / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal membrane protein PEX13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Douangamath, A. / Mayans, O. / Barnett, P. / Distel, B. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Topography for Independent Binding of alpha-Helical and PPII-Helical Ligands to a Peroxisomal SH3 Domain
著者: Douangamath, A. / Filipp, F.V. / Klein, A.T.J. / Barnett, P. / Zou, P. / Voorn-Brouwer, T. / Vega, M.C. / Mayans, O. / Sattler, M. / Distel, B. / Wilmanns, M.
履歴
登録2001年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
B: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
C: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
D: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1294
ポリマ－43,1294
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.199, 50.441, 74.773
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.04, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20 / Pex13p / Pas20p / ROXIN-13 / Peroxisomal membrane protein that contains Src homology 3 / mobile ...Pex13p / Pas20p / ROXIN-13 / Peroxisomal membrane protein that contains Src homology 3 / mobile receptor for the import type I peroxisomal


分子量: 10782.284 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pMALc2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P80667
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Ammonium Sulfate, Bis-Tris-Propane, detergent C12E9 at pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
温度: 22. ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.2 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Msodium phosphate1reservoir
3100 mMBis-Tris-propane1reservoirpH8.0
42 %(v/v)ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.980, 0.980, 0.918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年9月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.9181
反射解像度: 2.65→10 Å / Num. all: 10554 / Num. obs: 10554 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 60 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 10735
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 529 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all-10554 --
obs-10554 --
原子変位パラメータBiso mean: 45.3929 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.464 Å20 Å2-4.338 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3---6.645 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2410 0 0 53 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007321
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34939
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.5552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1492.5
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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