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- PDB-1jqk: Crystal structure of carbon monoxide dehydrogenase from Rhodospir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jqk
タイトルCrystal structure of carbon monoxide dehydrogenase from Rhodospirillum rubrum
要素carbon monoxide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Drennan, C.L. / Heo, J. / Sintchak, M.D. / Schreiter, E. / Ludden, P.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Life on carbon monoxide: X-ray structure of Rhodospirillum rubrum Ni-Fe-S carbon monoxide dehydrogenase.
著者: Drennan, C.L. / Heo, J. / Sintchak, M.D. / Schreiter, E. / Ludden, P.W.
履歴
登録2001年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN The ligand WCC is a Ni-Fe-S cubane. There is an unidentified ligand, UNX, bound to the Ni ...HETEROGEN The ligand WCC is a Ni-Fe-S cubane. There is an unidentified ligand, UNX, bound to the Ni of the WCC. There is also a FE2 bound to the cubane. The C-cluster, as it is called, has a single iron site (FE2) and a four-metal cubane (Ni-Fe-S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: carbon monoxide dehydrogenase
B: carbon monoxide dehydrogenase
C: carbon monoxide dehydrogenase
D: carbon monoxide dehydrogenase
E: carbon monoxide dehydrogenase
F: carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,19533
ポリマ－401,5686
非ポリマー5,62727
水00
1
A: carbon monoxide dehydrogenase
B: carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,73211
ポリマ－133,8562
非ポリマー1,8769
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10000 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area36070 Å2
手法PISA
2
C: carbon monoxide dehydrogenase
D: carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,73211
ポリマ－133,8562
非ポリマー1,8769
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area35960 Å2
手法PISA
3
E: carbon monoxide dehydrogenase
F: carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,73211
ポリマ－133,8562
非ポリマー1,8769
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area36150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.6, 200.1, 116.8
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 111.5, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The homodimer is the biological unit.

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要素

#1: タンパク質
carbon monoxide dehydrogenase / CODH


分子量: 66927.969 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COOS gene / 由来: (天然) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
参照: UniProt: P31896, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-WCC / FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER CUBANE


分子量: 354.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3NiS4
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: capillary crystallization / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M Tris buffer, 0.4 M calcium chloride, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.5, capillary crystallization, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 %PEG800011
20.05 MTris11
30.2 M11CaCl2
42.5 %MPD11
510 mg/mlprotein11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月30日 / 詳細: condensing mirror
放射モノクロメーター: two crystal non-dispersive monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 90759 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 63.5 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 7792 / Rsym value: 0.356 / % possible all: 80.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 223988 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
直接法モデル構築
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: bulk solvent correction, NCS restraints, maximum likelihood target, cartesian molecular dynamics. There are 3 homodimers in the asymmetric unit: chains A&B, C&D, and E&F. Molecules C&D, E&F ...詳細: bulk solvent correction, NCS restraints, maximum likelihood target, cartesian molecular dynamics. There are 3 homodimers in the asymmetric unit: chains A&B, C&D, and E&F. Molecules C&D, E&F have lower B-factors than A&B, and are the molecules that should be considered in structural analyses. No side chain density was seen for residue 348.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 3716 5 %Random
Rwork0.257 ---
all0.276 90727 --
obs0.259 74708 76.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26766 0 132 0 26898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 47.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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