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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jqb | ||||||
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タイトル | Alcohol Dehydrogenase from Clostridium Beijerinckii: Crystal Structure of Mutant with Enhanced Thermal Stability | ||||||
要素 | NADP-dependent Alcohol Dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / tetramer of 222 symmetry / water-mediated intersubunit salt bridges / rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium beijerinckii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Levin, I. / Frolow, F. / Bogin, O. / Peretz, M. / Hacham, Y. / Burstein, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002 タイトル: Structural basis for the enhanced thermal stability of alcohol dehydrogenase mutants from the mesophilic bacterium Clostridium beijerinckii: contribution of salt bridging 著者: Bogin, O. / Levin, I. / Hacham, Y. / Tel-Or, S. / Peretz, M. / Frolow, F. / Burstein, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jqb.cif.gz | 276.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jqb.ent.gz | 221.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jqb_validation.pdf.gz | 459.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jqb_full_validation.pdf.gz | 490.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jqb_validation.xml.gz | 54.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jqb_validation.cif.gz | 74.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/1jqb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1kevS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | asymmetric unit contains biologically active tetramer. for each monomer coordinates are provided. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37861.961 Da / 分子数: 4 / 変異: Q165E,M304R,V224E,S254K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア) プラスミド: pBS-p200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG2 / 参照: UniProt: P25984, alcohol dehydrogenase (NADP+) #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: PEG 4000, Tris-Cl, NaCl, NADP, ZnCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月3日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic Inc. multilayer optical system プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→20 Å / Num. all: 1574653 / Num. obs: 111655 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 3654 / % possible all: 65.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 111587 / Num. measured all: 1574653 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 65.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KEV 解像度: 1.97→20.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 4373954.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: cns-library
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.6665 Å2 / ksol: 0.356238 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→20.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.96→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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