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- PDB-1jp4: Crystal Structure of an Enzyme Displaying both Inositol-Polyphosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jp4
タイトルCrystal Structure of an Enzyme Displaying both Inositol-Polyphosphate 1-Phosphatase and 3'-Phosphoadenosine-5'-Phosphate Phosphatase Activities
要素3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase
キーワードHYDROLASE / protein-product complex / sugar nucleotidase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic sulfonation of small molecules / inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase / inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase activity / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 ...: / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BETA-MERCAPTOETHANOL / PHOSPHATE ION / 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Patel, S. / Yenush, L. / Rodriguez, P.L. / Serrano, R. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of an enzyme displaying both inositol-polyphosphate-1-phosphatase and 3'-phosphoadenosine-5'-phosphate phosphatase activities: a novel target of lithium therapy.
著者: Patel, S. / Yenush, L. / Rodriguez, P.L. / Serrano, R. / Blundell, T.L.
履歴
登録2001年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8027
ポリマ－33,2091
非ポリマー5936
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.635, 74.493, 92.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase / PIPase: PAP and Inositol 1 / 4 bisphosphate Phosphatase


分子量: 33208.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Sal3 / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: Q9Z1N4, 3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase, inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase

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非ポリマー , 5種, 424分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
詳細: AMP came from PAP (Sigma-Aldrich) turnover by enzyme
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
詳細: inorganic phosphate came from PAP (sigma-Aldrich) turnover by enzyme
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / 詳細: Magnesium ions came from crystallisation buffer / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / 詳細: BME came from protein purification buffer
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8K, magnesium acetate, sodium cacodylate, lithium chloride, magnesium chloride, PAP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 %(w/v)PEG80001reservoir
20.2 Mmagnesium acetate1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
410 mg/mlprotein1drop
55 mM1dropMgCl2
66 mM1dropLi2SO4
70.6 mMPAP1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX9.611.244
シンクロトロンESRF BM1420.97911, 0.97923, 0.91847
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年4月20日
MARRESEARCH2CCD2000年6月26日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(III) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(III) monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2441
20.979111
30.979231
40.918471
反射解像度: 1.69→24.94 Å / Num. all: 38295 / Num. obs: 38295 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 5441 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SnBv2.0位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.69→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.274 / SU ML: 0.076 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Structure was initially solved by ARP/wARP automated backbone tracing facility.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18016 1918 5 %RANDOM
Rwork0.14696 ---
all0.14866 38295 --
obs0.14866 38295 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.832 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2269 0 35 424 2728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.9813174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9435019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6033300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.33315423
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.3470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.32033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1990.52
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.5293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0680.35
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.530
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4961.51494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35422404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2453843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6874.5770
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 --
Rwork0.19 --
obs-5541 99.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 57.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.147 / Rfactor Rfree: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.67
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.77 Å / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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