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万見
- PDB-1jo6: Solution structure of the cytoplasmic N-terminus of the BK beta-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jo6
タイトルSolution structure of the cytoplasmic N-terminus of the BK beta-subunit KCNMB2
要素potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, beta member 2
キーワードMETAL TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / helix / ion channel / cytoplasmic part of
機能・相同性
機能・相同性情報


Ca2+ activated K+ channels / calcium-activated potassium channel activity / ion channel inhibitor activity / cGMP effects / action potential / detection of calcium ion / regulation of vasoconstriction / potassium channel regulator activity / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex ...Ca2+ activated K+ channels / calcium-activated potassium channel activity / ion channel inhibitor activity / cGMP effects / action potential / detection of calcium ion / regulation of vasoconstriction / potassium channel regulator activity / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
KCNMB2, ball/chain domain / KCNMB2, ball/chain domain / KCNMB2, ball/chain domain superfamily / KCNMB2, ball and chain domain / Potassium channel, calcium-activated, BK, beta subunit / Calcium-activated potassium channel, beta subunit / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-activated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Bentrop, D. / Beyermann, M. / Wissmann, R. / Fakler, B.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: NMR structure of the "ball-and-chain" domain of KCNMB2, the beta 2-subunit of large conductance Ca2+- and voltage-activated potassium channels.
著者: Bentrop, D. / Beyermann, M. / Wissmann, R. / Fakler, B.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Molecular basis of fast inactivation in voltage and Ca2+-activated K+ channels: a transmembrane beta-subunit homolog
著者: Wallner, M. / Meera, P. / Toro, L.
#2: ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 1999
タイトル: Molecular basis for the inactivation of Ca2+- and voltage-dependent BK channels in adrenal chromaffin cells and rat insulinoma tumor cells
著者: Xia, X.M. / Ding, J.P. / Lingle, C.J.
履歴
登録2001年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, beta member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3801
ポリマ－5,3801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 30structures with the least restraint violations,target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, beta member 2 / KCNMB2 / MaxiK channel beta 2 subunit / large conductance calcium-activated potassium channel beta2 subunit


分子量: 5380.064 Da / 分子数: 1 / 断片: cytoplasmic N-terminus of KCNMB2, residues 1-45 / 由来タイプ: 合成
詳細: The 45-residue peptide was synthesized by standard solid-phase synthesis. The sequence occurs naturally in humans.
参照: UniProt: Q9Y691

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-1H NOESY (2D)
121DQF-COSY
1321H-1H NOESY (2D)
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM KCNMB2(residues 1-45), NA; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22mM KCNMB2(residues 1-45), NA; 99.9% D2O99.9% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
AURELIA2.7.5Neidigデータ解析
XEASY1.3.13Bartelsデータ解析
DYANA1.5Mumenthaler, Guentert精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 728 NOE-derived distance constraints (486 intraresidual, 191 sequential, 51 medium-range), 5 dihedral angle restraints, 11 stereospecific assignments
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,target function
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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