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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jmg | ||||||
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タイトル | CONTRIBUTIONS OF ORIENTATION AND HYDROGEN BONDING TO CATALYSIS IN ASN-229 MUTANTS OF THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
![]() | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Contributions of orientation and hydrogen bonding to catalysis in Asn229 mutants of thymidylate synthase. 著者: Finer-Moore, J.S. / Liu, L. / Birdsall, D.L. / Brem, R. / Apfeld, J. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #1: ![]() タイトル: Partitioning Roles of Side Chains in Affinity, Orientation, and Catalysis with Structures for Mutant Complexes: Asparagine-229 in Thymidylate Synthase 著者: Finer-Moore, J.S. / Liu, L. / Schafmeister, C.E. / Birdsall, D.L. / Mau, T. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #2: ![]() タイトル: Stereochemistry of a Multistep/Bipartite Methyl Transfer Reaction: Thymidylate Synthase 著者: Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S. #3: ![]() タイトル: Refined Structures of Substrate-Bound and Phosphate-Bound Thymidylate Synthase from Lactobacillus Casei 著者: Finer-Moore, J. / Fauman, E.B. / Foster, P.G. / Perry, K.M. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #4: ![]() タイトル: Asparagine 229 in Thymidylate Synthase Contributes to, But is not Essential for, Catalysis 著者: Liu, L. / Santi, D.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 716.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 722.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36573.402 Da / 分子数: 1 / 変異: N229G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: N229G MUTANT OF CLONED L. CASE / プラスミド: PSCTS9 遺伝子 (発現宿主): N229G MUTANT OF CLONED L. CASEI TS 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): CHI-2913, LACKING A THYMIDYLATE SYNTHASE GENE 参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-UMP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年4月9日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20857 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.107 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 85655 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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