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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jlx | |||||||||
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タイトル | AGGLUTININ IN COMPLEX WITH T-DISACCHARIDE | |||||||||
要素 | AGGLUTININ | |||||||||
キーワード | LECTIN / COMPLEX (LECTIN-SACCHARIDE) / T-DISACCHARIDE HOMODIMER / BIVALENT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Agglutinin domain / Agglutinin domain superfamily / Agglutinin domain / Agglutinin / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Amaranthus caudatus (センニンコク) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Transue, T.R. / Smith, A.K. / Mo, H. / Goldstein, I.J. / Saper, M.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure of benzyl T-antigen disaccharide bound to Amaranthus caudatus agglutinin. 著者: Transue, T.R. / Smith, A.K. / Mo, H. / Goldstein, I.J. / Saper, M.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: Isolation and Characterization of Amaranthin, a Lectin Present in the Seeds of Amaranthus Caudatus, that Recognizes the T-(or Cryptic T)-Antigen 著者: Rinderle, S.J. / Goldstein, I.J. / Matta, K.L. / Ratcliffe, R.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jlx.cif.gz | 135.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jlx.ent.gz | 109.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jlx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jlx_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jlx_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1jlx_validation.xml.gz | 26.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jlx_validation.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/1jlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/1jlx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34812.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amaranthus caudatus (センニンコク) / 器官: SEED / 参照: PIR: S24263, UniProt: Q71QF2*PLUS #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-FOR / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE WAS DEDUCED FROM THE KNOWN SEQUENCE OF AN APPARENT HOMOLOGUE FROM AMARANTHUS ...THE SEQUENCE WAS DEDUCED FROM THE KNOWN SEQUENCE OF AN APPARENT HOMOLOGUE FROM AMARANTHUS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1994年8月7日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 33071 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 7.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1JLY 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 詳細: THE N-TERMINAL ALA 1 APPEARS TO HAVE DENSITY CONSISTENT WITH A FORMYL GROUP ATTACHED TO THE N-TERMINUS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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