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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jlm | ||||||
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タイトル | I-DOMAIN FROM INTEGRIN CR3, MN2+ BOUND | ||||||
![]() | INTEGRIN | ||||||
![]() | CELL ADHESION PROTEIN / INTEGRIN / GLYCOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() ectodermal cell differentiation / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / positive regulation of prostaglandin-E synthase activity / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / negative regulation of dopamine metabolic process / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement receptor mediated signaling pathway / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cargo receptor activity / cell adhesion mediated by integrin / phagocytosis, engulfment / amyloid-beta clearance / plasma membrane raft / tertiary granule membrane / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / response to mechanical stimulus / forebrain development / heat shock protein binding / cell-matrix adhesion / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of superoxide anion generation / response to ischemia / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / external side of plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, J.-O. / Liddington, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two conformations of the integrin A-domain (I-domain): a pathway for activation? 著者: Lee, J.O. / Bankston, L.A. / Arnaout, M.A. / Liddington, R.C. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the a Domain from the Alpha Subunit of Integrin Cr3 (Cd11B/Cd18) 著者: Lee, J.O. / Rieu, P. / Arnaout, M.A. / Liddington, R. #2: ![]() タイトル: A Novel Divalent Cation-Binding Site in the a Domain of the Beta 2 Integrin Cr3 (Cd11B/Cd18) is Essential for Ligand Binding 著者: Michishita, M. / Videm, V. / Arnaout, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1idoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21994.117 Da / 分子数: 1 / 断片: I-DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→12 Å / Num. obs: 12933 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IDO 解像度: 2→12 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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