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- PDB-1jkz: NMR Solution Structure of Pisum sativum defensin 1 (Psd1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jkz
タイトルNMR Solution Structure of Pisum sativum defensin 1 (Psd1)
要素DEFENSE-RELATED PEPTIDE 1
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / PLANT DEFENSIN / CYS-RICH / ANTIFUNGAL
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pisum sativum (マメ科)
手法溶液NMR / THE STRUCTURE WAS CALCULATED USING TORSIONAL SIMULATED ANNEALING, THEN MINIMIZED
データ登録者Almeida, M.S. / Cabral, K.M.S. / Kurtenbach, E. / Almeida, F.C.L. / Valente, A.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Solution structure of Pisum sativum defensin 1 by high resolution NMR: plant defensins, identical backbone with different mechanisms of action.
著者: Almeida, M.S. / Cabral, K.M. / Kurtenbach, E. / Almeida, F.C. / Valente, A.P.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: cDNA CLONING AND HETEROLOGOUS EXPRESSION OF FUNCTIONAL CYS-RICH ANTIFUNGAL PROTEIN PSD1 IN THE YEAST PICHIA PASTORIS
著者: ALMEIDA, M.S. / CABRAL, K.M.S. / MEDEIROS, L.N. / VALENTE, A.P. / ALMEIDA, F.C.L. / KURTENBACH, E.
#2: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2000
タイトル: Characterization of two novel defense peptides from pea (Pisum sativum) seeds
著者: ALMEIDA, M.S. / CABRAL, K.M. / ZINGALI, R.B. / KURTENBACH, E.
履歴
登録2001年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_nmr_software.name
Remark 999SEQUENCE An appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEFENSE-RELATED PEPTIDE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2181
ポリマ－5,2181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #18lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DEFENSE-RELATED PEPTIDE 1 / PSD1


分子量: 5217.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM PEA SEEDS / 由来: (天然) Pisum sativum (マメ科) / 参照: UniProt: P81929*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1311H/15N HMQC
1411H/13C HMQC

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試料調製

詳細内容: 1.8 mM PSD1 / 溶媒系: 10 mM SODIUM PHOSPHATE BUFFER pH 4
試料状態イオン強度: 10 mM sodium phosphate / pH: 4 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX4002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.5BRUKERcollection
NMRView5.2BRUCE A. JOHNSONデータ解析
CNSSOLVE1AXEL BRUNGER構造決定
CNSSOLVE1AXEL BRUNGER精密化
精密化手法: THE STRUCTURE WAS CALCULATED USING TORSIONAL SIMULATED ANNEALING, THEN MINIMIZED
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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