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万見
- PDB-1jke: D-Tyr tRNATyr deacylase from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jke
タイトルD-Tyr tRNATyr deacylase from Escherichia coli
要素D-Tyr-tRNATyr deacylase
キーワードHYDROLASE / beta-alpha-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


Ser(Gly)-tRNA(Ala) hydrolase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase activity / Gly-tRNA(Ala) hydrolase activity / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / D-amino acid catabolic process / aminoacyl-tRNA editing activity / response to heat / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-aminoacyl-tRNA deacylase DTD / D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase / D-aminoacyl-tRNA deacylase-like superfamily / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-aminoacyl-tRNA deacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Ferri-Fioni, M.L. / Schmitt, E. / Soutourina, J. / Plateau, P. / Mechulam, Y. / Blanquet, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of crystalline D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase. A representative of a new class of tRNA-dependent hydrolases.
著者: Ferri-Fioni, M.L. / Schmitt, E. / Soutourina, J. / Plateau, P. / Mechulam, Y. / Blanquet, S.
履歴
登録2001年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-Tyr-tRNATyr deacylase
B: D-Tyr-tRNATyr deacylase
C: D-Tyr-tRNATyr deacylase
D: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,64516
ポリマ－63,8604
非ポリマー78512
水7,548419
1
A: D-Tyr-tRNATyr deacylase
D: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,45310
ポリマ－31,9302
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
2
B: D-Tyr-tRNATyr deacylase
C: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1926
ポリマ－31,9302
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
3
D: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子

D: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子

B: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子

B: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子

A: D-Tyr-tRNATyr deacylase
C: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子

A: D-Tyr-tRNATyr deacylase
C: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,29032
ポリマ－127,7208
非ポリマー1,57024
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation3_454x-1/2,y+1/2,z-11
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11890 Å2
ΔGint-744 kcal/mol
Surface area53850 Å2
手法PISA
4
A: D-Tyr-tRNATyr deacylase
D: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子

B: D-Tyr-tRNATyr deacylase
C: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,64516
ポリマ－63,8604
非ポリマー78512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557-x+1/2,y+1/2,-z+21
Buried area8490 Å2
ΔGint-278 kcal/mol
Surface area24330 Å2
手法PISA
5
A: D-Tyr-tRNATyr deacylase
D: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子

B: D-Tyr-tRNATyr deacylase
C: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,64516
ポリマ－63,8604
非ポリマー78512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area8260 Å2
ΔGint-275 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
6
A: D-Tyr-tRNATyr deacylase
C: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3228
ポリマ－31,9302
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
7
D: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子

B: D-Tyr-tRNATyr deacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3228
ポリマ－31,9302
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area14650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.30, 82.93, 83.51
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.29, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-904-

ZN

詳細The asymmetric unit contains two biologically active dimers. Chains B and C form the first dimer and chains A and D form the second dimer.

-
要素

#1: タンパク質
D-Tyr-tRNATyr deacylase / O145 / ORF_o145 / hypothetical 15.9K protein (glnA-fdhE intergenic region) / HYPOTHETICAL 15.9 KDA ...O145 / ORF_o145 / hypothetical 15.9K protein (glnA-fdhE intergenic region) / HYPOTHETICAL 15.9 KDA PROTEIN IN RBN-FDHE INTERGENIC REGION


分子量: 15965.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YIHZ or B3887 / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101Tr / 参照: UniProt: P0A6M4
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10% PEG 8000, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 279K
結晶化
*PLUS
温度: 6 ℃ / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118 %PEG80001reservoir
20.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
30.2 Mzinc acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9474 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月18日
放射モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9474 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→41 Å / Num. all: 91706 / Num. obs: 91706 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.56 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1808 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 41 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.324

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.55→500 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 5507 6.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.209 91706 --
obs0.209 90612 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.061 Å20 Å2-1.013 Å2
2--0.021 Å20 Å2
3---1.041 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4459 0 12 419 4890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0046
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 108 -
Rwork0.274 --
obs-1781 100 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor Rwork: 0.274

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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