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万見
- PDB-1jk9: Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jk9
タイトルHeterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS
要素
  • copper chaperone for superoxide dismutase
  • superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-protein complex / heterodimer / metallochaperone / chaperone / copper / Amyotrophic Lateral Sclerosis / Lou Gehrig's Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase complex / protein maturation by copper ion transfer / negative regulation of cellular respiration / fungal-type cell wall organization / superoxide dismutase copper chaperone activity / Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / copper ion transport / intracellular zinc ion homeostasis / protein folding chaperone complex ...superoxide dismutase complex / protein maturation by copper ion transfer / negative regulation of cellular respiration / fungal-type cell wall organization / superoxide dismutase copper chaperone activity / Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / copper ion transport / intracellular zinc ion homeostasis / protein folding chaperone complex / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / intracellular copper ion homeostasis / removal of superoxide radicals / mitochondrial intermembrane space / peroxisome / mitochondrial inner membrane / protein stabilization / copper ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) ...Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 copper chaperone
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lamb, A.L. / Torres, A.S. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Heterodimeric structure of superoxide dismutase in complex with its metallochaperone.
著者: Lamb, A.L. / Torres, A.S. / O'Halloran, T.V. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2001年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: superoxide dismutase
B: copper chaperone for superoxide dismutase
C: superoxide dismutase
D: copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,68210
ポリマ－86,2294
非ポリマー4546
水19811
1
A: superoxide dismutase
B: copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3415
ポリマ－43,1142
非ポリマー2273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
2
C: superoxide dismutase
D: copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3415
ポリマ－43,1142
非ポリマー2273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area33890 Å2
手法PISA
4
A: superoxide dismutase
ヘテロ分子

C: superoxide dismutase
ヘテロ分子

B: copper chaperone for superoxide dismutase
D: copper chaperone for superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,68210
ポリマ－86,2294
非ポリマー4546
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
crystal symmetry operation6_656-x+1,-x+y,-z+5/31
Buried area4060 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area39430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.090, 104.090, 233.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細the biological assembly is a heterodimer comprising one molecule of yCCS and one molecule of ySOD1

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要素

#1: タンパク質 superoxide dismutase / Sod1


分子量: 15752.416 Da / 分子数: 2 / 変異: H48F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET3d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00445, superoxide dismutase
#2: タンパク質 copper chaperone for superoxide dismutase / CCS


分子量: 27361.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET11d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40202
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
250 mMMES1drop
3150 mM1dropNaCl
420 mMdithiothreitol1drop
50.020 mM1dropZnSO4
6100 mMMES1reservoir
71.8 Mammonium sulfate1reservoir
85 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→12 Å / Num. all: 119535 / Num. obs: 32933 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 12 Å / Num. measured all: 119535 / Rmerge(I) obs: 0.109
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.351

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: heterodimer

解像度: 2.9→12 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.26 3199 random
Rwork0.217 --
all0.217 30885 -
obs0.217 30885 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5954 0 14 11 5979
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 12 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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