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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jk0 | ||||||
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タイトル | Ribonucleotide reductase Y2Y4 heterodimer | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / R2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / ferrous iron binding / molecular adaptor activity / protein heterodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Voegtli, W.C. / Perlstein, D.L. / Ge, J. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the yeast ribonucleotide reductase Y2Y4 heterodimer. 著者: Voegtli, W.C. / Ge, J. / Perlstein, D.L. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 379.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 404.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is a heterodimer of monomers of Y2 and Y4 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48378.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RNR2 / プラスミド: pET-14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P09938, ribonucleoside-diphosphate reductase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 40102.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RNR4 / プラスミド: pET-14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P49723, ribonucleoside-diphosphate reductase |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: sandwich drop / pH: 4.9 詳細: 100 mM acetate, 14% w/v polyethyleneglycol 4000, 200 mM NaCl, pH 4.9, sandwich drop, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→9 Å / Num. all: 20545 / Num. obs: 19844 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1530 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 99.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 20645 / % possible obs: 99.9 % / Num. measured all: 65155 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.85 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.285 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.5531 Å2 / ksol: 0.443753 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 1 / % reflection Rfree: 7.4 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 46.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.374 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.317 |