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万見
- PDB-1jk0: Ribonucleotide reductase Y2Y4 heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jk0
タイトルRibonucleotide reductase Y2Y4 heterodimer
要素
  • ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 1
  • ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / R2
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / ferrous iron binding / molecular adaptor activity / protein heterodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 1 / Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Voegtli, W.C. / Perlstein, D.L. / Ge, J. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Structure of the yeast ribonucleotide reductase Y2Y4 heterodimer.
著者: Voegtli, W.C. / Ge, J. / Perlstein, D.L. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2001年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 1
B: ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5473
ポリマ－88,4812
非ポリマー651
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area27380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.900, 93.000, 97.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological assembly is a heterodimer of monomers of Y2 and Y4

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要素

#1: タンパク質 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 1 / RNR Y2


分子量: 48378.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RNR2 / プラスミド: pET-14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P09938, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain 2 / RNR Y4


分子量: 40102.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RNR4 / プラスミド: pET-14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P49723, ribonucleoside-diphosphate reductase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: sandwich drop / pH: 4.9
詳細: 100 mM acetate, 14% w/v polyethyleneglycol 4000, 200 mM NaCl, pH 4.9, sandwich drop, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 5.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris11
24 mg/mlprotein11
3100 mMacetate12
414 %(w/v)PEG400012
5200 mM12NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.946 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月30日
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→9 Å / Num. all: 20545 / Num. obs: 19844 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1530 / Rsym value: 0.286 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. obs: 20645 / % possible obs: 99.9 % / Num. measured all: 65155 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.85 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.285

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNSderived MIR phases with sites found in SOLVE精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNSDERIVED MIR PHASES WITH SITES FOUND IN SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→9 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 564143.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1453 7.4 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.243 20545 --
obs0.243 19752 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.5531 Å2 / ksol: 0.443753 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.09 Å20 Å20 Å2
2---2.64 Å20 Å2
3---8.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4944 0 1 58 5003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 236 8 %
Rwork0.317 2714 -
obs--87.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TOPPER_ION.PARAMTOPPER_ION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 1 / % reflection Rfree: 7.4 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 46.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.374 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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