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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jjk | ||||||
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タイトル | Selenomethionine Substitution of Orotidine-5'-monophosphate Decarboxylase from E. coli Causes a Change in Crystal Contacts and Space Group | ||||||
要素 | OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE | ||||||
キーワード | LYASE / alpha-beta-barrel / protein-inhibitor complex / homodimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleobase-containing small molecule interconversion / carboxy-lyase activity / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Poulsen, J.-C.N. / Harris, P. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Selenomethionine substitution of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase causes a change in crystal contacts and space group. 著者: Poulsen, J.C. / Harris, P. / Jensen, K.F. / Larsen, S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Structural Basis for the Catalytic Mechanism of a Proficient Enzyme: Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase 著者: Harris, P. / Poulsen, J.-C.N. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jjk.cif.gz | 682.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jjk.ent.gz | 588.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jjk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jjk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed like AB, CD, EF, GH, IJ, KL, MN or OP |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26800.279 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pLFF8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SO6735 参照: UniProt: P08244, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | ChemComp-BMP / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9787, 0.9789, 0.8856 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月9日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. all: 64921 / Num. obs: 64921 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.1 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 9615 / % possible all: 93.7 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 333946 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.02 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3 | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / Rfactor Rfree: 0.387 / Rfactor Rwork: 0.423 |