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万見
- PDB-1jjj: SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN EPIDERMAL-TYPE FATTY ACID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jjj
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN EPIDERMAL-TYPE FATTY ACID BINDING PROTEIN
要素EPIDERMAL-TYPE FATTY ACID BINDING PROTEIN (E-FABP)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BETA BARREL / FATTY ACID CARRIER / HOLO FORM / NMR SPECTROSCOPY / 15N ISOTOPE ENRICHMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity ...regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid / Triglyceride catabolism / epidermis development / long-chain fatty acid transport / fatty acid transport / secretory granule membrane / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / azurophil granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / glucose homeostasis / postsynaptic density / lipid binding / Neutrophil degranulation / synapse / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Gutierrez-Gonzalez, L.H. / Ludwig, C. / Hohoff, C. / Rademacher, M. / Hanhoff, T. / Rueterjans, H. / Spener, F. / Luecke, C.
引用
ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2002
タイトル: Solution structure and backbone dynamics of human epidermal-type fatty acid-binding protein (E-FABP)
著者: Gutierrez-Gonzalez, L.H. / Ludwig, C. / Hohoff, C. / Rademacher, M. / Hanhoff, T. / Rueterjans, H. / Spener, F. / Luecke, C.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Expression, Purification, and Crystal Structure Determination of Recombinant Human Epidermal-Type Fatty Acid Binding Protein
著者: Hohoff, C. / Boerchers, T. / Ruestow, B. / Spener, F. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2001年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPIDERMAL-TYPE FATTY ACID BINDING PROTEIN (E-FABP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1851
ポリマ－15,1851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 EPIDERMAL-TYPE FATTY ACID BINDING PROTEIN (E-FABP)


分子量: 15185.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP5 / プラスミド: PET3D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01469

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
1312D 15N-HSQC
1412D 15N-HTQC
1513D 15N-TOCSY-HSQC
1613D 15N-NOESY-HSQC

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試料調製

詳細内容: 1.5-2 MM E-FABP PHOSPHATE BUFFER; 0.05% SODIUM AZIDE
試料状態イオン強度: 20 mM POTASSIUM PHOSPHATE / pH: 5.6 / 圧: AMBIENT / 温度: 298.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Discover97MSI精密化
XwinNMR1.3構造決定
AURELIA2.5.9構造決定
DYANA1.5構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2008 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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