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万見
- PDB-1jjc: Crystal structure at 2.6A resolution of phenylalanyl-tRNA synthet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jjc
タイトルCrystal structure at 2.6A resolution of phenylalanyl-tRNA synthetase complexed with phenylalanyl-adenylate in the presence of manganese
要素(PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ...) x 2
キーワードLIGASE / Heterodimer / phenylalanyl-tRNA / Thermus thermophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-[PHENYLALANINYL-PHOSPHATE] / : / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Safro, M.G. / Fishman, R. / Moor, N. / Ankilova, V.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure at 2.6 A resolution of phenylalanyl-tRNA synthetase complexed with phenylalanyl-adenylate in the presence of manganese.
著者: Fishman, R. / Ankilova, V. / Moor, N. / Safro, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure pf phenylalanyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus
著者: Mosyak, L. / Reshetnikova, L. / Goldgur, Y. / Delarue, M. / Safro, M.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of phenylalanyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with cognate tRNA-Phe
著者: Goldgur, Y. / Mosyak, L. / Reshetnikova, L. / Ankilova, V. / Khodyreva, S. / Safro, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structures of phenylalnyl-tRNA synthetase complexed with phenylalanine and phenylalanyl-adenylate analogue
著者: Reshenikova, L. / Moor, N. / Lavrik, O. / Vassyliev, D.
履歴
登録2001年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN
B: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,6755
ポリマ－126,0302
非ポリマー6453
水5,206289
1
A: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN
B: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN
ヘテロ分子

A: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN
B: PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,35110
ポリマ－252,0604
非ポリマー1,2916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area29280 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area80120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)173.400, 173.400, 138.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221
詳細The second part of the molecule is generated by the two fold axis: y,x,-z'

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要素

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PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN / E.C.6.1.1.20 / PHENYLALANINE--TRNA LIGASE ALPHA CHAIN / PHERS / phenylalanine--tRNA ligase


分子量: 39309.199 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SGX2, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN / E.C.6.1.1.20 / PHENYLALANINE--TRNA LIGASE BETA CHAIN / PHERS / phenylalanine--tRNA ligase


分子量: 86720.656 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SGX1, phenylalanine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 4種, 292分子

#3: 化合物 ChemComp-FA5 / ADENOSINE-5'-[PHENYLALANINYL-PHOSPHATE] / L-フェニルアラニン5′-アデニリル


タイプ: RNA linking / 分子量: 494.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N6O8P
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: (NH4)2SO4, Imidazole-HCl, ATP, L-phenylalanine, MnSO4, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
濃度: 27 %sat / 一般名: ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 75189 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 15.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 405589
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1PYS

1pys


解像度: 2.6→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 6846 10 %Random
Rwork0.216 ---
all0.239 70750 --
obs0.207 68983 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8250 0 40 289 8579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.76
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.003
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 1065 -
Rwork0.31 --
obs-9894 90 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 45.2 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.37 / Rfactor Rwork: 0.31

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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