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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jj2 | ||||||
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タイトル | Fully Refined Crystal Structure of the Haloarcula marismortui Large Ribosomal Subunit at 2.4 Angstrom Resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / RIBOSOME ASSEMBLY / RNA-RNA / PROTEIN-RNA / PROTEIN-PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Klein, D.J. / Schmeing, T.M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001 タイトル: The kink-turn: a new RNA secondary structure motif. 著者: Klein, D.J. / Schmeing, T.M. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: To be published タイトル: The Fully Refined Crystal Structure of the H. marismortui 50S Subunit at 2.4 Angstrom Resolution 著者: Klein, D.J. / Schmeing, T.M. / Nissen, P. / Ban, N. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jj2.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jj2.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jj2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jj2_validation.pdf.gz | 766.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jj2_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1jj2_validation.xml.gz | 314.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jj2_validation.cif.gz | 498.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/1jj2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 09
#1: RNA鎖 | 分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
+RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ12
-非ポリマー , 6種, 8125分子
#31: 化合物 | ChemComp-MG / #32: 化合物 | #33: 化合物 | ChemComp-NA / #34: 化合物 | ChemComp-CL / #35: 化合物 | ChemComp-CD / #36: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG 6000, KCL, NH4CL, MGCL2, CDCL2, POTASSIUM ACETATE, TRIS-MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: data unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→90 Å / Num. all: 666819 / Num. obs: 666819 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 47.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 26.6 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / % possible all: 73.5 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 90 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.189 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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