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万見
- PDB-1jia: STRUCTURE OF A BASIC PHOSPHOLIPASE A2 FROM AGKISTRODON HALYS PALL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jia
タイトルSTRUCTURE OF A BASIC PHOSPHOLIPASE A2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS AT 2.13A RESOLUTION
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードPHOSPHOLIPASE / PHOSPHOLIPASE A2 / AGKISTRODON HALYS PALLAS CRYSTAL STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / toxin activity / signaling receptor binding ...calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of fibroblast proliferation / toxin activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 B
類似検索 - 構成要素
生物種Gloydius halys (ヘビ)
手法X線回折 / STRUCTURE REFINEMENT / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Zhao, K. / Lin, Z.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of a basic phospholipase A2 from Agkistrodon halys Pallas at 2.13 A resolution.
著者: Zhao, K. / Song, S. / Lin, Z. / Zhou, Y.
#1: ジャーナル: Shengwu Huaxue Zazhi / 年: 1997
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of a Basic Phospholipase A2 from the Venom of Agkistrodon Halys Pallas
著者: Zhao, K. / Song, S. / Lin, Z. / Zhou, Y.
履歴
登録1997年6月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9264
ポリマ－27,8462
非ポリマー802
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.130, 103.690, 23.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.10143, -0.99475, -0.01393), (0.99469, 0.10165, -0.01605), (0.01739, -0.01223, 0.99977)
ベクター: 21.71425, -26.07776, -5.96769)

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13923.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gloydius halys (ヘビ) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: O42187, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
解説: THE STRUCTURE OF BASIC PLA2 FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS WAS DETERMINED BY MOLECULAR REPLACEMENT METHOD, USING R CHAIN OF PLA2 FROM THE VENOM OF WESTERN DIAMONDBACK RATTLESNAKE(2.5A) AS A SEARCH MODEL.
結晶化pH: 9.5
詳細: THE PROTEIN SOLUTIONS CONTAINED 10MM CA2+, 0.1M NACL, 5% PEG 4K IN 0.01M CHESS BUFFER (PH 9.5) AND AN ENZYME CONCENTRATION OF 11MG/ML; THE SOLUTION IN RESERVOIR CONTAINED 10% PEG 4K IN SAME ...詳細: THE PROTEIN SOLUTIONS CONTAINED 10MM CA2+, 0.1M NACL, 5% PEG 4K IN 0.01M CHESS BUFFER (PH 9.5) AND AN ENZYME CONCENTRATION OF 11MG/ML; THE SOLUTION IN RESERVOIR CONTAINED 10% PEG 4K IN SAME BUFFER, ROOM TEMPERATURE OF 17 DEGREES C.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
20.05 MCHES1drop
30.1 M1dropNaCl
45 %(w/v)PEG40001drop
510 mg/ml1dropCaCl2
60.05 MCHES1reservoir
70.2 M1reservoirNaCl
810 %(w/v)PEG40001reservoir
920 mg/ml1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 280 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X200B / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年5月1日
放射モノクロメーター: NICKEL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→40 Å / Num. obs: 12001 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 26.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0459 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.13→2.23 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 46.28
反射
*PLUS
Num. measured all: 29753
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 46.28 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: STRUCTURE REFINEMENT / 解像度: 2.13→6 Å
交差検証法: FULL REFINEMENT CONSISTING OF INITIAL MINIMIZATION, SLOW COOLING-SA 3000K, POSITIONAL AND B-FACTOR REFINEMENT.
σ(F): 3 / 詳細: DURING THE REFINEMENT, NO NCS RESTRAINTS WERE USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1063 10.45 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.152 10174 77.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.41 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1916 0 2 190 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.72
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.22 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 50 9.8 %
Rwork0.242 459 -
obs--46.28 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.WATTOPOLOGY.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.29
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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