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万見
- PDB-1ji9: Solution structure of the alpha-domain of mouse metallothionein-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ji9
タイトルSolution structure of the alpha-domain of mouse metallothionein-3
要素METALLOTHIONEIN-III
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / 3-10 helix / Cd-S cluster / half turn / type II turn
機能・相同性
機能・相同性情報


Metallothioneins bind metals / metal ion sequestering activity / positive regulation of oxygen metabolic process / regulation of response to food / detoxification of cadmium ion / negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / leptin-mediated signaling pathway / astrocyte end-foot / zinc ion transport ...Metallothioneins bind metals / metal ion sequestering activity / positive regulation of oxygen metabolic process / regulation of response to food / detoxification of cadmium ion / negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / leptin-mediated signaling pathway / astrocyte end-foot / zinc ion transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / negative regulation of axon extension / energy reserve metabolic process / intracellular zinc ion homeostasis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular detoxification / cadmium ion binding / protein kinase activator activity / activation of protein kinase B activity / inclusion body / removal of superoxide radicals / cellular response to reactive oxygen species / negative regulation of cell growth / negative regulation of neurogenesis / synaptic vesicle / positive regulation of protein phosphorylation / cellular response to hypoxia / dendritic spine / response to oxidative stress / negative regulation of neuron apoptotic process / microtubule / mitochondrial outer membrane / response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein stabilization / ribosome / copper ion binding / axon / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Metallothionein, vertebrate / Metallothionein, vertebrate, metal binding site / Metallothionein domain superfamily, vertebrate / Metallothionein / Vertebrate metallothioneins signature. / Metallothionein domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallothionein-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
Model type detailsminimized average
データ登録者Oz, G. / Zangger, K. / Armitage, I.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional structure and dynamics of a brain specific growth inhibitory factor: metallothionein-3.
著者: Oz, G. / Zangger, K. / Armitage, I.M.
履歴
登録2001年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLOTHIONEIN-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2505
ポリマ－3,8001
非ポリマー4504
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50Minimized average structure
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド METALLOTHIONEIN-III


分子量: 3800.474 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL (ALPHA) DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28184
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
2311H-113Cd HMQC
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and 2D 1H-113Cd HMQC spectroscopy.

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試料調製

詳細内容: 1.6 mM mouse metallothionein-3 / 溶媒系: 20 mM deuterated Tris-HCl buffer
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120mM Tris-HCl 6.51 atm283 K
220mM Tris-HCl 6.51 atm303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Unity INOVAVarianUnity INOVA8001
Varian Unity INOVAVarianUnity INOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 377 NOE-derived distance constraints and 16 cadmium-to-cysteine connectivities were used in the structure calculations.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Minimized average structure
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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