PDB-1jhd: Crystal Structure of Bacterial ATP Sulfurylase from the Riftia pa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1jhd

タイトル

Crystal Structure of Bacterial ATP Sulfurylase from the Riftia pachyptila Symbiont

要素

SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / adenylyl transferase / sulfurylase / aps / chemoautotroph / bromide

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfate adenylyltransferase / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfur-oxidizing endosymbiont of Riftia pachyptila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Beynon, J.D. / MacRae, I.J. / Huston, S.L. / Nelson, D.C. / Segel, I.H. / Fisher, A.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of ATP sulfurylase from the bacterial symbiont of the hydrothermal vent tubeworm Riftia pachyptila.
著者: Beynon, J.D. / MacRae, I.J. / Huston, S.L. / Nelson, D.C. / Segel, I.H. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2001年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1jhd.cif.gz	100.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1jhd.ent.gz	75.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1jhd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1jhd_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1jhd_full_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示
XML形式データ	1jhd_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	1jhd_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/1jhd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dnx-d 1nxg-d 2ood-1 4g6b-d 3c0k-d 1nxe-d 6sj1-d 6six-d 4l63-d 2uz9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (7) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.561, 75.546, 95.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE / E.C.2.7.7.4 / Chemoautotropic Bacterial ATP Sulfurylase / SULFATE ADENYLATE TRANSFERASE / SAT / ATP-SULFURYLASE 分子量: 43941.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfur-oxidizing endosymbiont of Riftia pachyptila (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54506, sulfate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION 分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %

結晶化

温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, 2.3M Ammonium Sulfate, 2% PEG 400, 100mM NaBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 300K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	2.3 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	100 mM		1	reservoir	NaBr
4	2 %	PEG400	1	reservoir
5	100 mM	sodium HEPES	1	reservoir		pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9197 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月30日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 48942 / Num. obs: 46914 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.15 % / B_iso Wilson estimate: 16.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.61 % / R_merge(I) obs: 0.163 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 71.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.78 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1591193.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	2418	5.2 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.167	46759	96.6 %	-
all	-	48942	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 53.64 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2 Å	0.15 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.11 Å	0.06 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3078	0	23	498	3599

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.7
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.23
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.25	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.87	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.69	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.24	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.76 Å / R_factor R_free error: 0.021 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	178	4.7 %
R_work	0.207	3613	-
obs	-	-	79.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 5.2 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 20.1 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.23
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.25	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.69	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.87	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.24	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.277 / % reflection R_free: 4.7 % / R_factor R_work: 0.207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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