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- PDB-1jh3: Solution structure of tyrosyl-tRNA synthetase C-terminal domain. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jh3
タイトルSolution structure of tyrosyl-tRNA synthetase C-terminal domain.
要素TYROSYL-TRNA SYNTHETASE
キーワードLIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / anticodon-arm binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / regulation of protein complex stability / tRNA binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine--tRNA ligase SYY-like C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine--tRNA ligase SYY-like C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics simulated annealing
データ登録者Guijarro, J.I. / Pintar, A. / Prochnicka-Chalufour, A. / Guez, V. / Gilquin, B. / Bedouelle, H. / Delepierre, M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure and Dynamics of the Anticodon Arm Binding Domain of Bacillus stearothermophilus Tyrosyl-tRNA Synthetase
著者: Guijarro, J.I. / Pintar, A. / Prochnicka-Chalufour, A. / Guez, V. / Gilquin, B. / Bedouelle, H. / Delepierre, M.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Secondary structure of the C-terminal domain of the tyrosyl-transfer RNA synthetase from Bacillus stearothermophilus: a novel type of anticodon binding domain?
著者: Pintar, A. / Guez, V. / Castagne, C. / Bedouelle, H. / Delepierre, M.
履歴
登録2001年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0021
ポリマ－12,0021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TYROSYL-TRNA SYNTHETASE


分子量: 12001.544 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (Residues 321-419) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: tyrS / プラスミド: PET-20b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00952, tyrosine-tRNA ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1232D NOESY
131HMQC-J

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2mM protein, U-15N20mM potassium phosphate, 90% H2O, 10% D2O
20.8mM protein, U-15N, U-13C20mM potassium phosphate, 90% H2O, 10% D2O
31.0mM protein20mM potassium phosphate, 100% D2O
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XEASY1.2Bartels, Xia, Billeter, Guntertデータ解析
DYANA1.5Guntert, Mumenthaler, Herrmann構造決定
OPAL2.6Luginbuhl, Guntert, Billeter精密化
VNMR6.1bcollection
精密化手法: torsion angle dynamics simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated using 1352 meaningful upper distance restraints, 71 dihedral angle restraints and 33 hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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