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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jgx | ||||||
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タイトル | Photosynthetic Reaction Center Mutant With Thr M 21 Replaced With Asp | ||||||
![]() | (Photosynthetic Reaction Center ...) x 3 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / alpha helix | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Camara-Artigas, A. / Magee, C.L. / Williams, J.C. / Allen, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Individual interactions influence the crystalline order for membrane proteins. 著者: Camara-Artigas, A. / Magee, C.L. / Williams, J.C. / Allen, J.P. #1: ![]() タイトル: Specific Alteration of the Oxidation Potential of the Electron Donor in Reaction Centers from Rhodobacter sphaeroides 著者: Lin, X. / Murchison, H.A. / Nagarajan, V. / Parson, W.W. / Allen, J.P. / Willians, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 762.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 812 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Photosynthetic Reaction Center ... , 3種, 3分子 LMH
#1: タンパク質 | 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種 (発現宿主): Rhodobacter sphaeroides 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34412.523 Da / 分子数: 1 / Mutation: T21D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種 (発現宿主): Rhodobacter sphaeroides 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種 (発現宿主): Rhodobacter sphaeroides 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS |
-非ポリマー , 6種, 121分子 ![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-FE / | #7: 化合物 | ChemComp-U10 / | #8: 化合物 | ChemComp-SPO / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Potasium phosphate, LDAO, heptane triol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月13日 詳細: 58 cm long, Pt-coated, fused silica, vertical focusmirror |
放射 | モノクロメーター: Cyclindrically bent triangular Si(111) asymmetric cut, horizontal focus monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. all: 39407 / Num. obs: 39407 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 77.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / % possible all: 51.33 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 128588 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1qov 解像度: 3.01→29.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1790004.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.86 Å2 / ksol: 0.2675 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→29.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 50.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.361 / % reflection Rfree: 11 % / Rfactor Rwork: 0.326 |