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- PDB-1jfw: HOMONUCLEAR AND HETERONUCLEAR 1H-13C NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfw
タイトルHOMONUCLEAR AND HETERONUCLEAR 1H-13C NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE ASSIGNMENT AND STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF A HIV-1 TAT PROTEIN
要素TAT PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / TAT / HIV-1 / HETERONUCLEAR / DRUG DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral gene expression / trans-activation response element binding / regulatory region RNA binding / negative regulation of cellular respiration / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / positive regulation of viral transcription / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / host cell nucleolus / membrane hyperpolarization ...viral gene expression / trans-activation response element binding / regulatory region RNA binding / negative regulation of cellular respiration / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / positive regulation of viral transcription / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / host cell nucleolus / membrane hyperpolarization / actinin binding / RNA-binding transcription regulator activity / cyclin binding / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / protein domain specific binding / DNA-templated transcription / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HIV-1 Transactivator Protein / Tat domain / Tat domain superfamily / Immunodeficiency virus transactivating regulatory protein (Tat) / Transactivating regulatory protein (Tat) / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, RANDOM LOOP RESEARCH VALIDATED WITH NOE BACK-CALCULATION ENERGY MINIMIZATION, MOLECULAR DYNAMIC
データ登録者Peloponese, J.M. / Gregoire, C. / Opi, S. / Esquieu, D.
引用ジャーナル: C.R.Acad.Sci.III / 年: 2000
タイトル: 1H-13C nuclear magnetic resonance assignment and structural characterization of HIV-1 Tat protein.
著者: Peloponese Jr., J.M. / Gregoire, C. / Opi, S. / Esquieu, D. / Sturgis, J. / Lebrun, E. / Meurs, E. / Collette, Y. / Olive, D. / Aubertin, A.M. / Witvrow, M. / Pannecouque, C. / De Clercq, E. ...著者: Peloponese Jr., J.M. / Gregoire, C. / Opi, S. / Esquieu, D. / Sturgis, J. / Lebrun, E. / Meurs, E. / Collette, Y. / Olive, D. / Aubertin, A.M. / Witvrow, M. / Pannecouque, C. / De Clercq, E. / Bailly, C. / Lebreton, J. / Loret, E.P.
履歴
登録2001年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2001年8月15日ID: 1FKU
改定 1.02001年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7891
ポリマ－9,7891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMEN TAL NOESY SPECTRUM, STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY, TARGET FUNCTION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TAT PROTEIN / TRANSACTIVATING REGULATORY PROTEIN


分子量: 9789.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS SYNTHESIZED (SOLID PHASE SYNTHESIS). THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE OCCURS NATURALLY IN HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1
参照: UniProt: P04610

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
1313D 13C-SEPARATED NOESY

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試料調製

詳細内容: SPECIFIC 13C LABELLING OF GLYCINE 15,44,48,61,79,83
試料状態pH: 4.5 / 温度: 298.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DISCOVER 9597MSI精密化
Felix95構造決定
97 AND98構造決定
NMR_REFINE97構造決定
HOMOLOGY95構造決定
97構造決定
98構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, RANDOM LOOP RESEARCH VALIDATED WITH NOE BACK-CALCULATION ENERGY MINIMIZATION, MOLECULAR DYNAMIC
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 915 RESTRAINTS AND 272 ARE LONG-RANGE NOES.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMEN TAL NOESY SPECTRUM, STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY,STRUCTURES ...コンフォーマー選択の基準: BACK CALCULATED DATA AGREE WITH EXPERIMEN TAL NOESY SPECTRUM, STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY,STRUCTURES WITH FAVORABLE NON-BOND ENERGY,STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS,STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY, TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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