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- PDB-1jfu: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SOLUBLE DOMAIN OF TLPA FROM BRADYRHIZOBI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SOLUBLE DOMAIN OF TLPA FROM BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM
要素THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / THIOREDOXIN-LIKE / DOUBLE DISULFIDE BRIDGE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...: / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol:disulfide interchange protein TlpA
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Capitani, G. / Rossmann, R. / Sargent, D.F. / Gruetter, M.G. / Richmond, T.J. / Hennecke, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the soluble domain of a membrane-anchored thioredoxin-like protein from Bradyrhizobium japonicum reveals unusual properties.
著者: Capitani, G. / Rossmann, R. / Sargent, D.F. / Grutter, M.G. / Richmond, T.J. / Hennecke, H.
履歴
登録2001年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA
B: THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5782
ポリマ－39,5782
非ポリマー00
水9,998555
1
A: THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7891
ポリマ－19,7891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7891
ポリマ－19,7891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.62, 75.15, 82.99
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA


分子量: 19788.889 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE DOMAIN OF TLPA (RESIDUES 36-221) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: TLPA / プラスミド: PMAL-P / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P43221
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.28 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Bicine, NaCl, PEG550 MME, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K
結晶化
*PLUS
温度: 7 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.1 MBicine1reservoir
20.1 M1reservoirNaCl
330 %PEG550 MME1reservoir
416 mg/mlprotein1dropin water

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月4日 / 詳細: OSMIC Confocal Max-Flux
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→15 Å / Num. obs: 36890 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3346 / % possible all: 64

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→15 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.234 1863 RANDOM
Rwork0.181 --
obs-36890 -
原子変位パラメータBiso mean: 19.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2671 0 0 555 3226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.56
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.54
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.88
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.6-1.640.39820.33X-RAY DIFFRACTION188464
2.06-2.150.21110.18X-RAY DIFFRACTION222397.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.56
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.88
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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