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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jfg | ||||||
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タイトル | TRICHODIENE SYNTHASE FROM FUSARIUM SPOROTRICHIOIDES COMPLEXED WITH DIPHOSPHATE | ||||||
要素 | TRICHODIENE SYNTHASE | ||||||
キーワード | LYASE / terpenoid synthase fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trichodiene synthase / sesquiterpenoid biosynthetic process / trichodiene synthase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Fusarium sporotrichioides (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Rynkiewicz, M.J. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Structure of trichodiene synthase from Fusarium sporotrichioides provides mechanistic inferences on the terpene cyclization cascade. 著者: Rynkiewicz, M.J. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jfg.cif.gz | 163.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jfg.ent.gz | 129.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jfg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/1jfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/1jfg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44050.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium sporotrichioides (菌類) / 遺伝子: TRI5 / プラスミド: PZW03 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13513, EC: 4.1.99.6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-POP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.87 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: PEG 4000, calcium chloride, sodium HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.01 Å |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.01 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 46785 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.48→2.58 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1JFA 解像度: 2.5→14.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 38849 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.9 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.257 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.335 / Rfactor Rwork: 0.289 |