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万見
- PDB-1jfb: X-ray structure of nitric oxide reductase (cytochrome P450nor) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jfb
タイトルX-ray structure of nitric oxide reductase (cytochrome P450nor) in the ferric resting state at atomic resolution
要素nitric-oxide reductase cytochrome P450 55A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitric oxide reductase / Cytochrome P450nor / atomic resolution / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase [NAD(P)+, nitrous oxide-forming] / nitric oxide reductase [NAD(P)H] activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NADP nitrous oxide-forming nitric oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Shimizu, H. / Adachi, S. / Park, S.Y. / Shiro, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: X-ray structure of nitric oxide reductase (cytochrome P450nor) at atomic resolution.
著者: Shimizu, H. / Park, S.Y. / Shiro, Y. / Adachi, S.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of nitric oxide reductase from denitrifying fungus Fusarium oxysporum
著者: Park, S.Y. / Shimizu, H. / Adachi, S. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Nakahara, K. / Shoun, H. / Obayashi, E. / Nakamura, H. / Iizuka, T. / Shiro, Y.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Proton Delivery in No Reduction by Fungal Nitric-Oxide Reductase. Cryogenic Crystallography, Spectroscopy, and Kinetics of Ferric-No Complexes of Wild- Type and Mutant Enzymes
著者: Shimizu, H. / Obayashi, E. / Gomi, Y. / Arakawa, H. / Park, S.Y. / Nakamura, H. / Adachi, S. / Shoun, H. / Shiro, Y.
履歴
登録2001年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nitric-oxide reductase cytochrome P450 55A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2303
ポリマ－44,5221
非ポリマー7092
水18,8081044
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.661, 82.132, 85.843
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 nitric-oxide reductase cytochrome P450 55A1


分子量: 44521.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23295, nitric-oxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1044 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG3350, MES, Glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
136 %PEG40001reservoir
20.1 MMES1reservoir
310 %glycerol1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) flat / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→100 Å / Num. all: 1745175 / Num. obs: 204021 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1→1.05 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 29073 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 1745175
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1→10 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.139 10117 -RANDOM
Rwork0.102 ---
all-203704 --
obs-203704 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3099 0 49 1044 4192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 38979 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.102
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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