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- PDB-1jf2: Crystal Structure of W92F obelin mutant from Obelia longissima at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jf2
タイトルCrystal Structure of W92F obelin mutant from Obelia longissima at 1.72 Angstrom resolution
要素obelin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / bioluminescence / calcium-regulated photoprotein / obelin / obelia / hydroid
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / EF hand / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...: / EF hand / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / Obelin
類似検索 - 構成要素
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Liu, Z.-J. / Vysotski, E.S. / Deng, L. / Markova, S.V. / Lee, J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Violet bioluminescence and fast kinetics from W92F obelin: structure-based proposals for the bioluminescence triggering and the identification of the emitting species.
著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.J. / Markova, S.V. / Blinks, J.R. / Deng, L. / Frank, L.A. / Herko, M. / Malikova, N.P. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Lee, J.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Structure of the Ca2+-regulated photoprotein obelin at 1.7 A resolution determined directly from its sulfur substructure.
著者: Liu, Z.J. / Vysotski, E.S. / Chen, C.J. / Rose, J.P. / Lee, J. / Wang, B.C.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Preparation and preliminary study of crystals of the recombinant calcium-regulated photoprotein obelin from the bioluminescent hydroid Obelia longissima.
著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.J. / Rose, J. / Wang, B.C. / Lee, J.
#3: ジャーナル: Bioluminescence and Chemiluminescence 2000 / 年: 2001
タイトル: Obelin crystal structure: implications for the bioluminescence mechanism
著者: Vysotski, E. / Liu, Z.-J. / Deng, L. / Rose, J. / Wang, B.-C. / Lee, J.
履歴
登録2001年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月19日Group: Database references
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6712
ポリマ－22,2161
非ポリマー4551
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.449, 53.449, 144.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 obelin


分子量: 22215.869 Da / 分子数: 1 / 変異: W92F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / プラスミド: pOL-92F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold / 参照: UniProt: Q27709
#2: 化合物 ChemComp-CZH / C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / 8-BENZYL-2-HYDROPEROXY-2-(4-HYDROXY-BENZYL)-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-2H-IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-ONE


分子量: 455.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 8000, potassium phosphate, hexaminecobaltic chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 詳細: Deng, L., (2001) FEBS Lett., 506, 281.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18-10 mg/mlprotein1drop
218 %PEG80001reservoir
350 mMpotassium phosphate1reservoir
4hexamine cobalt chloride1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 23136 / Num. obs: 21633 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 18.08
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 87.7
反射
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EL4

1el4


解像度: 1.72→26.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 259784.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1711 7.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
all0.245 23136 --
obs0.232 21633 93.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.47 Å2 / ksol: 0.4095 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→26.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1521 0 34 128 1683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 255 8 %
Rwork0.294 2914 -
obs-2914 84.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.359 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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