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万見
- PDB-1jey: Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jey
タイトルCrystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA
要素
  • DNA (34-MER)
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
  • Ku70
  • Ku80
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / double-strand DNA break repair / non-homologous end-joining / protein-nucleic acid complex / alpha/beta domain / beta barrel / helical C-terminal arm / SAP domain / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / cellular response to X-ray / nonhomologous end joining complex / regulation of smooth muscle cell proliferation ...Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / cellular response to X-ray / nonhomologous end joining complex / regulation of smooth muscle cell proliferation / nuclear telomere cap complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / IRF3-mediated induction of type I IFN / regulation of telomere maintenance / recombinational repair / U3 snoRNA binding / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular response to fatty acid / cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of neurogenesis / telomeric DNA binding / 2-LTR circle formation / hematopoietic stem cell proliferation / site of DNA damage / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of protein kinase activity / hematopoietic stem cell differentiation / telomere maintenance via telomerase / DNA helicase activity / neurogenesis / telomere maintenance / activation of innate immune response / cyclin binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / enzyme activator activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / scaffold protein binding / secretory granule lumen / DNA recombination / transcription regulator complex / ficolin-1-rich granule lumen / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ku70, bridge and pillars / Ku70, bridge and pillars / Ku70; Chain: A; Domain 2 - #10 / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal ...Ku70, bridge and pillars / Ku70, bridge and pillars / Ku70; Chain: A; Domain 2 - #10 / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / X-ray repair cross-complementing protein 6 / X-ray repair cross-complementing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Walker, J.R. / Corpina, R.A. / Goldberg, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Structure of the Ku heterodimer bound to DNA and its implications for double-strand break repair.
著者: Walker, J.R. / Corpina, R.A. / Goldberg, J.
履歴
登録2001年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (34-MER)
A: Ku70
B: Ku80


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,9674
ポリマ－150,9674
非ポリマー00
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.920, 126.305, 126.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 6506.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 10325.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Ku70 / HOMO SAPIENS THYROID AUTOANTIGEN 70KD


分子量: 69945.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G22P1 / プラスミド: pFASTBAC HT / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12956
#4: タンパク質 Ku80 / DNA REPAIR PROTEIN XRCC5


分子量: 64190.543 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-565 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC5 / プラスミド: pFASTBAC HT / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P13010
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 26% polyethylene glycol 350 monomethyl ether, 50 mM Tris-HCL pH 8.0, 5 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 350 monomethyl ether11
2Tris-HCl11
3MgCl211
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
118 mg/mlprotein1drop
226 %PEG350MME1reservoir
350 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
45 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 46460 / Num. obs: 46176 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 46385 / % possible all: 67.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 46385 / Num. measured all: 141891
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.3 % / Rmerge(I) obs: 0.311

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JEQ

1jeq


解像度: 2.5→24.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2533650.68 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2304 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.22 46176 --
obs0.22 46176 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.46 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.62 Å20 Å20 Å2
2---3.7 Å20 Å2
3----1.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8224 993 0 255 9472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 348 4.6 %
Rwork0.261 7271 -
obs--98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.218 / Rfactor Rfree: 0.276
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 40.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.345 / % reflection Rfree: 4.6 % / Rfactor Rwork: 0.261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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