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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jeo | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Hypothetical Protein MJ1247 from Methanococcus jannaschii at 2.0 A Resolution Infers a Molecular Function of 3-Hexulose-6-Phosphate isomerase. | ||||||
要素 | HYPOTHETICAL PROTEIN MJ1247 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / RuMP pathway / phosphosugar / 3-hexulose-6-phosphate isomerase / PHI / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-phospho-3-hexuloisomerase / hexulose-6-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Martinez-Cruz, L.A. / Dreyer, M.K. / Boisvert, D.C. / Yokota, H. / Martinez-Chantar, M.L. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of MJ1247 protein from M. jannaschii at 2.0 A resolution infers a molecular function of 3-hexulose-6-phosphate isomerase. 著者: Martinez-Cruz, L.A. / Dreyer, M.K. / Boisvert, D.C. / Yokota, H. / Martinez-Chantar, M.L. / Kim, R. / Kim, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jeo.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jeo.ent.gz | 35.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jeo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jeo_validation.pdf.gz | 439.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jeo_full_validation.pdf.gz | 440.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jeo_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jeo_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/1jeo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/1jeo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations -X,-Y, Z X,-Y,-Z -X, Y,-Z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20698.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: mj1247 / プラスミド: SJS1244 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58644 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 40% PEG 400, 0.1 M Tris/HCl, 0.2 M Sodium citrate, 10 mM betamercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 37198 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.44 % / Biso Wilson estimate: 19.03 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.63 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 982 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 12655 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 37198 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MJ1247 model obtained from MAD data (selenomethionine-derivatized crystals) 解像度: 2→30 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: RESIDUES 1-3 ARE DISORDERED. HENCE, THE COORDINATES OF ITS SIDE CHAIN ARE NOT INCLUDED IN THE PDB FILE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.4695 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.1891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |