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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jef | |||||||||
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タイトル | TURKEY LYSOZYME COMPLEX WITH (GLCNAC)3 | |||||||||
![]() | LYSOZYME | |||||||||
![]() | HYDROLASE / ENZYME / INHIBITOR COMPLEX / GLYCOSIDASE / BACTERIOLYTIC ENZYME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glycosaminoglycan binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Harata, K. / Muraki, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of turkey-egg lysozyme complex with tri-N-acetylchitotriose. Lack of binding ability at subsite A. 著者: Harata, K. / Muraki, M. #1: ![]() タイトル: X-Ray Structure of Turkey Egg Lysozyme Complex with Di-N-Acetylchitobiose. Recognition and Binding of Alpha-Anomeric Form 著者: Harata, K. / Muraki, M. #2: ![]() タイトル: X-Ray Structure of Monoclinic Turkey Egg Lysozyme at 1.3 Angstrom Resolution 著者: Harata, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14228.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() Cell: EGG / 参照: UniProt: P00703, lysozyme |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NATIVE STRUCTURE PDB ENTRY CODE 1LZ3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.2 詳細: 2.2M AMMONIUM SULFATE, 10% 1-PROPANOL, PH4.2 1.5% PROTEIN, 2MM (GLCNAC)3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis詳細: Harata, K., (1993) Acta Crystallogr.,Sect.D, 49, 497. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→23.4 Å / Num. obs: 10950 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.225 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 50234 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: STRUCTURE IN THE NATIVE CRYSTAL 解像度: 1.77→10 Å / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.77→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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