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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jee | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of ATP Sulfurylase in complex with chlorate | ||||||
![]() | SULFATE ADENYLYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / alpha-beta protein / beta-barrel / Rossmann-fold / inhibitor complex / chlorate | ||||||
機能・相同性 | ![]() sulfur amino acid metabolic process / sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / sulfate adenylyltransferase / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ullrich, T.C. / Huber, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The complex structures of ATP sulfurylase with thiosulfate, ADP and chlorate reveal new insights in inhibitory effects and the catalytic cycle. 著者: Ullrich, T.C. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 240.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Homohexamer, generated by the D3 symmetry of the R32 spacegroup (2 different subunits per asymmetric unit) |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 57661.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Native purification out of yeast cells / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 10種, 658分子 ![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LCO.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/ADX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LCO.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/ADX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-ACY / #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 500 mM NaAc, 50 mM HEPES, 25 mM CdSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 詳細: Ullrich, T.C., (2001) EMBO J., 20, 316. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→25 Å / Num. all: 35805 / Num. obs: 35268 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5587 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 97.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1G8H 解像度: 2.8→24.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3968976.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.56 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.301 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.246 |