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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jcv | ||||||
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タイトル | REDUCED BRIDGE-BROKEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE LOW TEMPERATURE (-180C) STRUCTURE | ||||||
要素 | CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (SUPEROXIDE ACCEPTOR) / OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, oxygen as acceptor / superoxide dismutase complex / protein maturation by copper ion transfer / negative regulation of cellular respiration / fungal-type cell wall organization / Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / intracellular zinc ion homeostasis / cellular detoxification / superoxide metabolic process ...oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, oxygen as acceptor / superoxide dismutase complex / protein maturation by copper ion transfer / negative regulation of cellular respiration / fungal-type cell wall organization / Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / intracellular zinc ion homeostasis / cellular detoxification / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / intracellular copper ion homeostasis / removal of superoxide radicals / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / protein stabilization / copper ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Ogihara, N.L. / Parge, H.E. / Hart, P.J. / Weiss, M.S. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D.S. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Unusual trigonal-planar copper configuration revealed in the atomic structure of yeast copper-zinc superoxide dismutase. 著者: Ogihara, N.L. / Parge, H.E. / Hart, P.J. / Weiss, M.S. / Goto, J.J. / Crane, B.R. / Tsang, J. / Slater, K. / Roe, J.A. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jcv.cif.gz | 43.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jcv.ent.gz | 29.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jcv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jcv_validation.pdf.gz | 403.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jcv_full_validation.pdf.gz | 403.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jcv_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jcv_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/1jcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/1jcv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15743.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: LOW (93K) TEMPERATURE STRUCTURE WITH THE COPPER-IMIDAZOLATE BRIDGE BROKEN 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00445, superoxide dismutase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 60.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年5月12日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 59 Å / Num. obs: 26394 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 88085 / Rmerge(I) obs: 0.092 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 1.61 Å / % possible obs: 54.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.55→10 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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