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- PDB-1jc4: Crystal Structure of Se-Met Methylmalonyl-CoA Epimerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jc4
タイトルCrystal Structure of Se-Met Methylmalonyl-CoA Epimerase
要素Methylmalonyl-CoA epimerase
キーワードISOMERASE / vicinal oxygen chelate superfamily / methylmalonyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonyl-CoA epimerase / methylmalonyl-CoA epimerase activity / L-methylmalonyl-CoA metabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylmalonyl-CoA epimerase / : / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylmalonyl-CoA epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mc Carthy, A.A. / Baker, H.M. / Shewry, S.C. / Patchett, M.L. / Baker, E.N.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of methylmalonyl-coenzyme A epimerase from P. shermanii: a novel enzymatic function on an ancient metal binding scaffold.
著者: McCarthy, A.A. / Baker, H.M. / Shewry, S.C. / Patchett, M.L. / Baker, E.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Expression, crystallization and preliminary characterization of methylmalonyl coenzyme A epimerase from Propionibacterium shermanii
著者: Mc Carthy, A.A. / Baker, H.M. / Shewry, S.C. / Kagawa, T.F. / Saafi, E. / Patchett, M.L. / Baker, E.N.
履歴
登録2001年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonyl-CoA epimerase
B: Methylmalonyl-CoA epimerase
C: Methylmalonyl-CoA epimerase
D: Methylmalonyl-CoA epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,84510
ポリマ－68,2694
非ポリマー5766
水1,62190
1
A: Methylmalonyl-CoA epimerase
B: Methylmalonyl-CoA epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4235
ポリマ－34,1342
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
2
C: Methylmalonyl-CoA epimerase
D: Methylmalonyl-CoA epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4235
ポリマ－34,1342
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.600, 78.620, 89.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a homodimer

-
要素

#1: タンパク質
Methylmalonyl-CoA epimerase


分子量: 17067.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: subsp. shermanii / プラスミド: pProEXHTa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8VQN0, methylmalonyl-CoA epimerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: PEG 2000 (MME), sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / PH range low: 4.3 / PH range high: 4.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.2 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir
3PEG2000MME1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→19.85 Å / Num. all: 41059 / Num. obs: 39229 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Limit h max: 21 / Limit h min: -21 / Limit k max: 39 / Limit k min: -21 / Limit l max: 44 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 431328.6 / Observed criterion F min: 0.45 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.802 / % possible all: 90.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 204757
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.354

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→19.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 3930 10 %random
Rwork0.228 ---
all-39229 --
obs-39229 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 31.3284 Å2 / ksol: 0.335152 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.28 Å2 / Biso mean: 29.41 Å2 / Biso min: 7.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.21 Å20 Å2-6.04 Å2
2---3.96 Å20 Å2
3----1.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.18 Å
Luzzati d res high-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4596 0 30 90 4716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.68
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.130.30764410.50.26455000.0125132460490.5
2.09-2.20.2544779.40.25342510.0125074472893.2
2.2-2.340.2324899.70.23243050.015056479494.8
2.34-2.520.24346290.24444290.0115108489195.8
2.52-2.770.2574919.60.25844580.0125096494997.1
2.77-3.170.2595029.80.2644910.0125101499397.9
3.17-3.990.22152210.20.2245800.015122510299.6
3.99-19.850.1865159.90.18746530.0085194516899.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramse_protein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.307 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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