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- PDB-1jbl: Solution structure of SFTI-1, A cyclic trypsin inhibitor from sun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jbl
タイトルSolution structure of SFTI-1, A cyclic trypsin inhibitor from sunflower seeds
要素CYCLIC TRYPSIN INHIBITOR
キーワードPROTEIN BINDING / cyclic backbone / 2 beta strands / 1 disulfide bond / SFTI-1
機能・相同性negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / Trypsin inhibitor 1 / Trypsin inhibitor 1
機能・相同性情報
生物種Helianthus annuus (ヒグルマ)
手法溶液NMR / simulated annealing with refinement using a modified CSDX force field.
データ登録者Korsinczky, M.L.J. / Schirra, H.J. / Rosengren, K.J. / West, J. / Condie, B.A. / Otvos, L. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structures by 1H NMR of the novel cyclic trypsin inhibitor SFTI-1 from sunflower seeds and an acyclic permutant.
著者: Korsinczky, M.L. / Schirra, H.J. / Rosengren, K.J. / West, J. / Condie, B.A. / Otvos, L. / Anderson, M.A. / Craik, D.J.
履歴
登録2001年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年4月15日Group: Other
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIC TRYPSIN INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5361
ポリマ－1,5361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CYCLIC TRYPSIN INHIBITOR / SFTI-1


タイプ: Polypeptide / クラス: Trypsin inhibitor / 分子量: 1535.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helianthus annuus (ヒグルマ) / 参照: UniProt: Q4GWU5, Trypsin inhibitor 1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121DQF-COSY
133E-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM SFTI-120mM sodium phosphate,pH 4.5, 20% trifluoroethanol, 10% D2O
21mM SFTI-120mM sodium phosphate,pH 4.5, 10% D2O
31mM SFTI-120mM sodium phosphate,pH 4.5, 20% trifluoroethanol, 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120mM 4.5ambient 273 K
220mM 4.5ambient 313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker ARXBrukerARX5001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR2.6Bruker解析
CCNMRCieslar et al.データ解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing with refinement using a modified CSDX force field.
ソフトェア番号: 1
詳細: 111 distance constraints, comprising 53 sequential, 18 medium range, 68 long range, 6 chi1 angle constraints 7 phi angle constraints
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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