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万見
- PDB-1jbj: CD3 Epsilon and gamma Ectodomain Fragment Complex in Single-Chain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jbj
タイトルCD3 Epsilon and gamma Ectodomain Fragment Complex in Single-Chain Construct
要素CD3 Epsilon and gamma Ectodomain Fragment Complex
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-sheet / C2-set IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY / H-bonded G strand pair / single-chain
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte activation / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / regulation of lymphocyte apoptotic process / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell anergy / Downstream TCR signaling ...lymphocyte activation / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / regulation of lymphocyte apoptotic process / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell anergy / Downstream TCR signaling / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of T cell anergy / Clathrin-mediated endocytosis / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / immunological synapse / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / cerebellum development / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / negative regulation of smoothened signaling pathway / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / SH3 domain binding / positive regulation of T cell activation / positive regulation of type II interferon production / transmembrane signaling receptor activity / protein transport / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / cell body / dendritic spine / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sun, Z.-Y.J. / Kim, K.S. / Wagner, G. / Reinherz, E.L.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Mechanisms contributing to T cell receptor signaling and assembly revealed by the solution structure of an ectodomain fragment of the CD3 epsilon gamma heterodimer.
著者: Sun, Z.J. / Kim, K.S. / Wagner, G. / Reinherz, E.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Heterodimeric CD3epsilongamma Extracellular Domain Fragments: Production, Purification and Structural Analysis
著者: Kim, K.S. / Sun, Z.Y. / Wagner, G. / Reinherz, E.L.
履歴
登録2001年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD3 Epsilon and gamma Ectodomain Fragment Complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6331
ポリマ－20,6331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #12lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CD3 Epsilon and gamma Ectodomain Fragment Complex


分子量: 20632.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 1-79 ARE a fragment of T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD3 EPSILON CHAIN, RESIDUES 80-105 ARE AN ENGINEERED LINKER MODELED FROM A SINGLE CHAIN T CELL RECEPTOR CONSTRUCT, RESIDUES 106-186 ...詳細: RESIDUES 1-79 ARE a fragment of T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD3 EPSILON CHAIN, RESIDUES 80-105 ARE AN ENGINEERED LINKER MODELED FROM A SINGLE CHAIN T CELL RECEPTOR CONSTRUCT, RESIDUES 106-186 ARE a fragment of T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD3 GAMMA CHAIN
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd3e FOR EPSILON CHAIN/CD3G FOR GAMMA CHAIN / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22646, GenBank: 1531627, UniProt: P11942
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA,HN(CO)CA,HN(CA)CB,HN(COCA)CB,HNCO,HN(CA)CO
2222D-NOESY,2D-TOCSY
333H(CCO)NH
44415N-NOESYHSQC,TOCSY
55513C-NOESYHSQC,TOCSY
66613C-HSQC
47415N-HSQC,HNHA,HNHB
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Structures are superimposed based on backbone atoms from residues 7 to 79 and 113 to 184.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15N,13C,2D; 5 mM sodium acetate, pH 4.590% H2O/10% D2O
2unlabeled; 5 mM sodium acetate, pH 4.5100% D2O
3U-15N,13C, U-70% 2D; 5 mM sodium acetate, pH 4.590% H2O/10% D2O
4U-15N; 5 mM sodium acetate, pH 4.590% H2O/10% D2O
5U-13C; 5 mM sodium acetate, pH 4.5100% D2O
6U-10% 13C; 5 mM sodium acetate, pH 4.5100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
15 mM sodium acetate 4.5ambient 298 K
25 mM sodium acetate 4.5ambient 298 K
35 mM sodium acetate 4.5ambient 298 K
45 mM sodium acetate 4.5ambient 298 K
55 mM sodium acetate 4.5ambient 298 K
65 mM sodium acetate 4.5ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
PROSA3.7Guntert解析
XEASY1.3.13Bartelsデータ解析
DYANA1.4Guntert構造決定
X-PLOR3.1Brunger構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: calculated using 1623 NOE restraints, 105 H-bond restraints, and 194 dihedral angle restrints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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